Die Wurzeln des FCR 2001 Duisburg liegen beim am 9. Januar 1955 gegründeten FC Rumeln-Kaldenhausen, der im Jahre 1977 eine Frauenmannschaft gründete. Diese stieg 1990 in die seinerzeit zweitklassige Regionalliga West und drei Jahre später in die Bundesliga auf. Während der Saison 1997/98 benannte sich der Verein in FCR Duisburg 55 um. 1998 gewann der Verein den DFB-Pokal und zwei Jahre später die Meisterschaft. Am 8. Juni 2001 machte sich die Frauenfußballabteilung des FCR als FCR 2001 Duisburg selbständig.
In den Jahren 2009 und 2010 gewann der Verein erneut den DFB-Pokal. Größter Erfolg der „Löwinnen“ war der Gewinn des UEFA Women’s Cup 2009 gegen den russischen Verein Swesda 2005 Perm. Am 23. Januar 2013 musste der Verein beim Amtsgericht Duisburg Insolvenz beantragen. Zur Sicherung des Spielbetriebes wurden Zusammenschlüsse mit dem MSV Duisburg und dem VfB Homberg, mit dem man sich das PCC-Stadion teilte, in Betracht gezogen.
Die Abteilung setzte sich zum 1. Januar 2014 aus der zweiten Mannschaft und den Juniorinnenteams (U-17, U-15, U-13) des FCR 2001 Duisburg zusammen.
Die erste Mannschaft ist in die MSV Duisburg GmbH & Co. KGaA ausgegliedert.[1][2] Die nötige Zustimmung zur Übertragung der Spielrechte gab der DFB am 27. Dezember 2013.[3] Mitglieder des Fußballclub Rumeln 2001 Duisburg e. V. mussten aus dem Verein austreten und traten in den Meidericher Spielverein 02 e. V. Duisburg ein.[4] Alle Spielerinnen – bis auf Gülhiye Cengiz (Karriereende), Lieke Martens (Kopparbergs/Göteborg FC) und Jackie Groenen (Chelsea Ladies) – verstärkten wie die Mitarbeiter den MSV. Die „Hülle“ des Fußballclub Rumeln 2001 Duisburg e. V. ging zum 1. Januar 2014 in die Insolvenz.[5]
Nach nur drei Siegen in der Saison 2014/15 stieg der Verein in die 2. Bundesliga Nord ab. Dort schafften die Duisburgerinnen den direkten Wiederaufstieg und stellten mit 22 Siegen aus 22 Spielen einen neuen Ligarekord auf. Nachdem Trainerin Inka Grings Anfang April 2017 ihren Rücktritt zum Ende der Saison 2016/17 ankündigte, ernannte der MSV Christian Franz-Pohlmann zum neuen Cheftrainer ab der Saison 2017/18.[6] Nach rund einem halben Jahr wurde Franz-Pohlmann am 14. Februar 2018 von Duisburg freigestellt,[7] der bisherige Co-Trainer Robert Augustin übernahm den Posten interimistisch bis zur Verpflichtung von Thomas Gerstner. 2021 stieg der MSV mit lediglich 7 Saisonpunkten ab. Thomas Gerstner verließ den Verein im Sommer, sein Nachfolger wurde der Däne Henrik Lehm. In der Folgesaison gelang der direkte Wiederaufstieg.
Die 2. Mannschaft spielte seit der Rückrunde der Saison 2013/14 in der drittklassigen Regionalliga West. Die Hinrunde absolvierte die Mannschaft vor der Übertragung der Spielrechte an den MSV als FCR 2001 Duisburg II. Die Saison 2014/15 beendete das Team als Vize-Meister hinter Borussia Mönchengladbach. Seit dem Abstieg aus der Regionalliga West 2018 spielt das Team in der Niederrheinliga.
Der MSV Duisburg übernahm zudem die Spielrechte der drei Juniorinnenteams des FCR 2001 Duisburg. Der Verein stellt seit der Saison 2013/14 in den Altersklassen U-17 (B-Jugend), U-15 (C-Jugend) und U-13 (D-Jugend) jeweils eine Mannschaft. Die U17 spielt – nach zwei Abstiegen und jeweils direktem Wiederaufstieg – in der Saison 2017/18 ein zweites Jahr in Folge in der B-Juniorinnen-Bundesliga West/Südwest. Nach zwei Abstiegen in Folge spielt das Team in der Saison 2019/20 in der B-Juniorinnen-Niederrheinliga.
