Die Mannschaften der Mongolei und Macaus spielten in der ersten Runde um den Einzug in die Gruppenphase der Qualifikation. Das Hinspiel am 7. April in Macau gewann Macau 2:0, das Rückspiel am 14. April in Ulaanbaatar gewann die Mongolei 3:1. Durch die Auswärtstor-Regel qualifizierte sich damit Macau.
In der Gruppenphase traten 16 Mannschaften in vier Gruppen zu je vier Mannschaften gegeneinander an. Die Gruppensieger und der beste Gruppenzweite qualifizierten sich für die Endrunde. Titelverteidiger und Gastgeber Indien, Tadschikistan und Nordkorea waren bereits für die Endrunde qualifiziert.
Die Auslosung der Gruppenphase am 28. Januar 2009 ergab folgende Gruppen:
Gruppe A: Myanmar, Kambodscha, Bangladesch, Macau
Gruppe B: Turkmenistan, Philippinen, Bhutan, Malediven
Gruppe C: Nepal, Afghanistan, Kirgisistan, Palästina
Gruppe D: Sri Lanka, Pakistan, Chinese Taipei, Brunei
Nepal wurde vor Palästina Gruppenzweiter. Wegen der Punkt- und Torgleichheit und des Remis im direkten Aufeinandertreffen kam die Fair-Play-Wertung zum Einsatz. Nepal hatte in den beiden Spielen insgesamt eine gelbe Karte erhalten, Palästina drei, deshalb wurde Nepal in der Tabelle vor Palästina gesetzt.
Wegen des Rückzugs von Afghanistan in Gruppe C hatte Nepal im Gegensatz zu den anderen Gruppenzweiten nur zwei Spiele absolviert. Um die Mannschaften vergleichen zu können, wurden deshalb auch bei den anderen Gruppenzweiten nur zwei Spiele gewertet, nämlich die gegen den Erst- und gegen den Drittplatzierten der jeweiligen Gruppe. Die Spiele gegen den Viertplatzierten wurden nicht gewertet. Demnach ergab sich folgende Tabelle:
Mongolei
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Myanmar
Bangladesch
Kambodscha
Turkmenistan
Malediven
Philippinen
Bhutan
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Kirgisistan
Nepal
Palästina
Sri Lanka
Pakistan
Chinesisch Taipeh
Brunei