Die Hohenberger hatten ihren Stammsitz auf dem Oberhohenberg, am Albtrauf zwischen Spaichingen und Schömberg. Um 1170 erwarben die Grafen von Hohenberg von den Grafen im Sülchgau Güter um Rottenburg und durch Erbe der Grafen von Haigerloch die Herrschaft Haigerloch und verlegten Ihren Sitz von der Südwestalb dorthin.
Durch erfolgreiche Heiratspolitik mit den Pfalzgrafen von Tübingen erwarben sie Gebiete um Nagold und Horb. Sie errichteten die Weilerburg und bauten um 1280 Rottenburg zur Stadt aus. 1245/47 heiratete Gertrud die Schwester Albrecht II. den Grafen und späteren König Rudolf von Habsburg. Besonders Albrecht II und dessen Sohn Rudolf I erlangten als Landvögte in Niederschwaben, beziehungsweise Elsaß bedeutenden Einfluß. Albrecht stand in militärischen und politischen Auseinandersetzungen an der Seite des Königs.
Die Hohenberger gründeten 1237 das Kloster Kirchberg bei Haigerloch, das sie zunächst als Grablege nutzten und 1252 das Kloster Reutin bei Wildberg. Später verlegten sie die Grablege nach Rottenburg-Ehingen.
Um 1245 erreichten die Hohenberger den Höhepunkt ihrer Macht. Gertrud von Hohenberg heiratete den Grafen Rudolf von Habsburg, der 1273 zum deutschen König gewählt wurde. Als Königin nahm Gertrud den Namen Anna an. Ihr älterer Bruder Albert (auch Albrecht) II. war Parteigänger seines Schwagers und profitierte vom politischen Aufstieg der Habsburger. Als enger Berater von König Rudolf wurde er von diesem beauftragt, als Landvogt in der neugeschaffenen Landvogtei Niederschwaben verloren gegangenes Reichsgut zurückzugewinnen. Das Vorhaben Rudolfs, das Herzogtum Schwaben wiederzubeleben und für die Habsburger zu vereinnahmen, scheiterte jedoch. In eigener Sache gründete Albert um das Jahr 1280 in der Nähe einer bestehenden Burg die Stadt Rotenburg (das heutige Rottenburg am Neckar) als neuen Verwaltungsmittelpunkt der Grafschaft – eine Folge der beständigen Gebietserweiterungen der Hohenberger in Richtung Neckartal. Über sein politisches Wirken hinaus hatte sich Albert aber auch als Minnesänger einen gewissen Namen gemacht. Immerhin findet sich in der Manessischen Liederhandschrift auf Blatt 42r eine Miniatur, die ihn (unter dem Titel Graf Albrecht von Haigerloch) als Ritter in einem Gefecht zeigt. Die Rückseite des Blattes enthält eine zweistrophige Kanzone, die einzige, die von ihm überliefert ist. Albert fiel 1298 in der Schlacht auf den Kreuzwiesen bei Leinstetten.
Mehrere Hohenberger machten im Kirchendienst Karriere. Weitere Klostergründungen, Erbteilungen und Prachtentfaltung schwächten das Geschlecht.
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In der auf Burkhard III. folgenden Generation erreichten die Hohenberger den Höhepunkt an politischer Bedeutung und territorialer Ausdehnung. Gleichzeitig wurde 1260 mit der Teilung des Hauses in eine Rottenburger (Haupt-) und eine Nagold-Wildberger Linie aber auch der Grundstein für den späteren Niedergang gelegt.
Älteste Tochter von Burkhard III. war
Burkhards III. ältester Sohn
Alberts jüngerer Bruder Burkhard IV. begründete 1260 die Nagold-Wildberger Linie der Hohenberger, die um 1300 unter seinen Söhnen Otto I. († vor 14. Juli 1307 ∞ Maria von Magenhaim) und Burkhard V. nochmals in eine Nagolder und eine Wildberger Linie aufgeteilt wurde. Die Wildberger Linie wurde 1355 nochmals in einen Altensteiger und einen Bulacher Teil geteilt.
Durch die wiederholten Erbteilungen, Abfindungen von Erbtöchtern und den Aufwand für eine den ambitionierten Grafen angemessene Hofhaltung gerieten die Hohenberger im 14. Jahrhundert zusehends in eine wirtschaftliche Notlage. Die Grafschaft war verschuldet, Städte und Dörfer mussten immer wieder verpfändet oder sogar verkauft werden. Otto II. von Nagold verkaufte 1363 seinen Teil an Graf Eberhard den Greiner von Württemberg. Burkhart VII. verkaufte Wildberg-Bulach ebenfalls 1363, und zwar zur Hälfte an Pfalzgraf Ruprecht, der 1377 auch die andere Hälfte erwarb. Der Rottenburger Rudolf III. konnte zwar 1374 noch die Herrschaft Oberndorf erwerben, doch schon am 26. Oktober 1381 veräußerte er seinen gesamten Besitz für 66.000 Goldgulden an Herzog Leopold III. von Österreich. Froben Christoph von Zimmern schrieb dazu Mitte des 16. Jahrhunderts in seiner Chronik:
„Vor vierthalbhundert jaren sein die graven von Hochenberg am mechtigisten an landt und leuten gewesen, und von dem jar 1200 an zu rechnen, do hat ir verthon und übelhausen angefangen, und hat sie der groß stat, den die gefiert, nit verderbt, sonder die großen stiftungen und gotzgaben, die sie unaufhörlichen gethon an die gestiften, clöstern, spitl, bronnen und in ander weg; dann, wie man sprücht, »wer vil hingibt, dem pleibt dester weniger«, das ist den fromen grafen, die ohn zweifel in jener welt iren lon darumb empfahen, auch begegnet; dann von diesem großen hingeben und stiftungen kammen sie nach und nach zue armuet, das sie auch letztlich landt und leut muesten angreifen und der großen schuldten halb butzen und still dem haus Österreich zu kaufen geben.“
Laut Kaufvertrag umfasste die Grafschaft zum Zeitpunkt des Verkaufs: Die Burg Hohenberg mit zugehörigem Städtchen, Burg und Stadt von Rottenburg und von Haigerloch (obere und untere Stadt), die Städte Schömberg, Nusplingen, Fridingen, Oberndorf, Horb, Binsdorf, das Städtchen Au (Obernau bei Rottenburg) sowie die Burgen Kallenberg, Werenwag, Deilingen, Neckarburg, Waseneck (bei Oberndorf), Wehrstein, Isenburg (bei Horb), Urnburg (bei Horb) und Rottenburg (die Burg außerhalb der Stadt). Die im Vertrag ebenfalls aufgeführten Städte Ebingen, Dornstetten und Waldenbuch sowie der Turm zu Altensteig waren bei Vertragsabschluss an Württemberg verpfändet und wurden auch später nicht ausgelöst.
Rudolf III. starb 1389 als letzter männlicher Angehöriger der Rottenburger Hauptlinie. Seine Tochter Margaretha war in erster Ehe mit Markgraf Bernhard I. von Baden verheiratet, diese Ehe blieb jedoch kinderlos, (obwohl er in zweiter Ehe zahlreiche Kinder hatte), sie heiratete danach den Grafen Hermann von Sulz, mit dem sie Kinder hatte. →Grafen von Sulz
Die Wildberger und Nagolder Verwandtschaft verkaufte nach und nach ihren Besitz an die Grafen von Württemberg. Letzter regierender Graf war Sigmund († 1486), mit ihm starb als letzte die Wildberger Seitenlinie aus.