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Wikipedia:Auskunft/Archiv/2022/Woche 06#wie alt ist Omicron 21M?

Hintergrund

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Am 8.2.'22 hat jemand die Frage gestellt, wie alt „Omikron“ sei. Dazu wurde Nextstrain erwähnt. Ich habe darüber nachgedacht, wie die unterschiedlichen Systeme, Nextstrain und Pango, ineinander greifen. Es gibt Überlappungen, aber keine Identität im Bedeutungsinhalt zwischen dem WHO-Namen „Omicron“, den Clustern und Kladen bei Nextstain und den Abstammungslinien bei Pango. Die Notizen dazu hatte ich in der Form eines Entwurfs für einen Diskussionsbeitrag abgelegt. Der Text sollte am Ende aussagen, dass man mit Altersbestimmungen und dem Vergleich unterschiedlicher Systeme vorsichtig sein muss. Den Entwurf habe ich letztlich nicht als Beitrag gepostet, da er bis dato zu lang geworden war und ich die Überlappung der Systeme (und die Nicht-Überlappung) nicht so klar herausarbeiten konnte, dass mein Text gegenüber anderen Beiträgen einen Mehrwehrt für Lesende bedeutet hätte.

Text als Entwurf

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Was man sieht    Hallo @IP 193.56.252.85 (21:02, 8. Feb.), bei den Darstellungen unter „nextstrain“ (.../21L) handelt es sich um die bildliche Darstellung einer Abstraktion. Dem Modell liegen Fakten und Annahmen zugrunde. Die Abbildung selbst ist ein Kladogramm, das die Evolution der Virus-Varianten veranschaulichen soll, wobei als Fakten vor allem das jeweilige Entdeckungsdatum und die Genomsequenz einer Variante von SARS-CoV-2 in die Analyse eingehen. Die Darstellung ist am schlüssigsten, wenn man als Annahme eine monophyletische Abstammung zugrunde legt. Diese Annahme trifft häufig zu, aber nicht immer.

Außer Nextstrain gibt es weitere Systeme, mit denen die SARS-CoV-2-Varianten dingfest gemacht werden sollen. Pango ist ein weiteres dieser Nomenklatursysteme (SARS-CoV-2#Nomenklatursysteme der Varianten). Während Nextstrain eher die Verzweigungen (Kladen) sichtbar macht und möglichst alle Varianten erfassen möchte, wird bei Pango der Fokus auf praktische Aspekte der Epidemiologie gelegt. So sollen mit dem Pango-Nomenklatursystem bspw. gar nicht alle Mutationen einzeln erfasst werden (sondern nur relevante Varianten) und Rekombinationen zwischen Viren sollen dagegen besser erfasst werden können (Rambaut et al., Nov. 2020; PMID 32669681 [online Jul. 2020] / Nachtrag zum Namen »as the ‘Pango’ nomenclature system«, März 2021: PMID 33514928 [online Jan. 2021]).

Bei der Veröffentlichung zu „Omicron“ gab die WHO an, dass dieser WHO-Name sich auf „B.1.1.529“ beziehen soll (WHO am 26. Nov. 2021). „B.1.1.529“ ist die Bezeichnung für eine Abstammungslinie (Pango line) des Pango-Nomenklatursystems. Von pango.network bzw. unter cov-lineages.org ist die entsprechende Variante also als „B.1.1.529“ registriert worden, von der WHO wurde sie mit dem Namen „Omicron“ versehen und als besorgniserregend eingestuft und bei Nextstrain wurde der WHO-Name einer dort definierten Klade zugeordnet: „21M (Omicron)“.

Sind die besorgniserregende Variante „Omicron“, die Abstammungslinie B.1.1.529 und die Klade „21M“ nun das Gleiche? Fast. Es gibt aber auch Unterschiede. IP 178.4.182.69 (05:39, 9. Feb.) schreibt ganz richtig, dass Klassifikationssysteme zum einen grundsätzlich willkürlich sind und dass die SARS-CoV-2-Variante Omikron recht plötzlich aufgetaucht ist. Das zweite liegt daran, dass man die Schritte ihrer Entwicklung nicht unmittelbar „in Echtzeit“ beobachten konnte.

Bei Pango wurde B.1.1 als diejenige Abstammungslinie ausgemacht, aus der sich die Abstammungslinie B.1.1.529 entwickelt hat. Zwischen den Varianten B.1.1 und B.1.1.529 gab es in der Entwicklungslinie B.1.1.529 keine explizit erwähnenswerten Varianten. Es gibt weitere Linien, die B.1.1 verlängert haben, z. B. B.1.1.7. Diese bekannte Variante (B.1.1.7) ist diejenige, welche von der WHO den Namen „Alpha“ bekam. B.1.1.529 ist aber keine Verlängerung von B.1.1.7. Die Abstammungslinie B.1.1.529 hat im Pango-Nomenklatursystem mittlerweile mehrere Fortführungen, die man B.1.1.529.1, B.1.1.529.2 und B.1.1.529.3 nennen würde, wenn man solche fünfstelligen Namen als Aliase verwenden wollte. Die Linien heißen aber BA.1, BA.2 und BA.3, da man nach den Nomenklatur-Regeln die ersten vier Stellen (in diesem Fall: „B.1.1.529“) durch ein neues Suffix ersetzt (in diesem Fall: „BA“), wenn sonst mehr als vier Stellen genutzt werden müssten.

Bei Nextstrain werden nicht nur solche Varianten in die Betrachtungen einbezogen, die in derselben Abstammungslinie liegen, sondern es werden Cluster von verwandten Varianten errechnet, aus denen die Kladen ermittelt werden. Bei diesem Konzept gibt es sehr viele Verzweigungen. Die Abzweigungen verlaufen von Knoten ausgehend, die eindeutig identifiziert werden können („Note name“), wobei jeder Knoten immer genau zwei Zweige trägt. Es gibt Zweige, die sich zwischen zwei Knoten befinden („Internal branch“) und solche, die zwar an einem Knoten beginnen, aber jeweils zu genau einem Virusisolat bzw. einer Genomsequenz führen („Branch leading to ...“) und dort enden.

BA.1 United Kingdom 45.0%, United States of America 27.0%, Denmark 5.0%, Germany 4.0%, Canada 2.0% 2021-09-12 130 594549 Alias of B.1.1.529.1, from pango-designation issue #361 Omicron
BA.1.1 United States of America 46.0%, United Kingdom 26.0%, Germany 5.0%, France 3.0%, Canada 3.0% 2021-09-18 417 315202 Alias of B.1.1.529.1.1, from pango-designation issue #360
BA.2 Denmark 61.0%, United Kingdom 14.0%, India 8.0%, Germany 3.0%, Sweden 3.0% 2021-11-17 6 47497 Alias of B.1.1.529.2, from pango-designation issue #361 Omicron
BA.3 Poland 74.0%, South_Africa 14.0%, United Kingdom 4.0%, Germany 2.0%, Mozambique 1.0% 2021-11-23 5 271 Alias of B.1.1.529.3, from pango-designation issue #367 Omicron
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