XbaI
XbaI ist ein Restriktionsenzym aus dem Bakterium Xanthomonas badrii (ATCC 11672).
| Endonuklease XbaI | ||
|---|---|---|
| Masse/Länge Primärstruktur | 24.700 Da | |
| Bezeichner | ||
| Gen-Name(n) | XbaI (Rebase) | |
| Enzymklassifikation | ||
| EC, Kategorie | 3.1.21.4, Restriktionsenzym | |
| Reaktionsart | Hydrolyse | |
| Substrat | DNA | |
| Produkte | Zweisträngige DNA-Fragmente mit terminalen 5'-Phosphatgruppen | |
| Vorkommen | ||
| Übergeordnetes Taxon | Xanthomonas sp. | |
Eigenschaften Bearbeiten
XbaI ist eine Endonuklease (Typ II, Subtyp P), die DNA an einer palindromischen DNA-Erkennungsequenz schneidet. In Anwesenheit von Dimethylsulfoxid (DMSO) oder hohen Konzentrationen an Glycerol sinkt die Affinität von XbaI zu der Erkennungssequenz, und die DNA wird unspezifisch geschnitten (Star-Aktivität). Durch den versetzten Schnitt der DNA durch XbaI entsteht ein sticky end mit einem 4-Basen-Überhang und je einer Phosphatgruppe an beiden 5'-Enden der doppelsträngigen DNA-Produkte. XbaI wird durch eine DAM-Methylierung gehemmt, nicht aber durch eine DCM- oder eine CpG-Methylierung. Nach einer Restriktion von DNA in vitro kann XbaI durch 20-minütiges Erhitzen auf 65 °C denaturiert und somit inaktiviert werden.
| Erkennungssequenz | Restriktionsschnitt |
|---|---|
5'-TCTAGA-3' 3'-AGATCT-5' |
5'-T CTAGA-3' 3'-AGATC T-5' |
Anwendungen Bearbeiten
XbaI wird für Restriktionsverdaue im Rahmen von Klonierungen[1] oder Restriktionsanalysen verwendet. Restriktionsanalysen mit XbaI werden bei menschlicher DNA unter anderem zur Bestimmung von DNA-Polymorphismen des Östrogenrezeptors α[2] und ApoB eingesetzt.[3]
Einzelnachweise Bearbeiten
- ↑ Keith Wilson: Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular Biology. Cambridge University Press, 2010, ISBN 978-0-521-51635-8, S. 218.
- ↑ H. Weng, C. Zhang, Y. Y. Hu, R. X. Yuan, H. X. Zuo, J. Z. Yan, Y. M. Niu: Association between Estrogen Receptor-α Gene XbaI and PvuII Polymorphisms and Periodontitis Susceptibility: A Meta-Analysis. In: Disease markers. Band 2015, 2015, S. 741972, doi:10.1155/2015/741972, PMID 26688601, PMC 4672125 (freier Volltext).
- ↑ W. Gu, M. Zhang, S. Wen: Association between the APOB XbaI and EcoRI polymorphisms and lipids in Chinese: a meta-analysis. In: Lipids in health and disease. Band 14, Oktober 2015, S. 123, doi:10.1186/s12944-015-0125-z, PMID 26446158, PMC 4596460 (freier Volltext).