Gene Expression Omnibus

Gene Expression Omnibus (GEO) ist eine Biochemie-Onlinedatenbank des National Center for Biotechnology Information, die Daten aus Genexpressionsanalysen aufführt.^[1]^[2]

Der Gene Expression Omnibus listet unter anderem Rohdaten aus RNA-Seq und Microarrays, welche in Hochdurchsatzverfahren erzeugt wurden. Die Rohdaten aus Microarrays erfüllen die MIAME-Kriterien (von englisch minimum information about a microarray experiment).^[3] Diese GEO-Daten sind frei zugänglich und funktionell konnotiert und werden von GEO-Mitarbeitern als GeoDatasetRecords (GDS-Format) formatiert. Daraus können Profile einzelner Gene extrahiert werden.

Weblinks Bearbeiten

Gene Expression Omnibus database.

Einzelnachweise Bearbeiten

↑ R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash: Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. In: Nucleic acids research. Band 30, Nummer 1, Januar 2002, S. 207–210, ISSN 1362-4962. PMID 11752295. PMC 99122 (freier Volltext).
↑ T. Barrett, S. E. Wilhite, P. Ledoux, C. Evangelista, I. F. Kim, M. Tomashevsky, K. A. Marshall, K. H. Phillippy, P. M. Sherman, M. Holko, A. Yefanov, H. Lee, N. Zhang, C. L. Robertson, N. Serova, S. Davis, A. Soboleva: NCBI GEO: archive for functional genomics data sets–update. In: Nucleic acids research. Band 41, Database issueJanuar 2013, S. D991–D995, ISSN 1362-4962. doi:10.1093/nar/gks1193. PMID 23193258. PMC 3531084 (freier Volltext).
↑ A. Brazma, P. Hingamp, J. Quackenbush, G. Sherlock, P. Spellman, C. Stoeckert, J. Aach, W. Ansorge, C. A. Ball, H. C. Causton, T. Gaasterland, P. Glenisson, F. C. Holstege, I. F. Kim, V. Markowitz, J. C. Matese, H. Parkinson, A. Robinson, U. Sarkans, S. Schulze-Kremer, J. Stewart, R. Taylor, J. Vilo, M. Vingron: Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data. In: Nature genetics. Band 29, Nummer 4, Dezember 2001, S. 365–371, ISSN 1061-4036. doi:10.1038/ng1201-365. PMID 11726920.

[1] R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash: Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository. In: Nucleic acids research. Band 30, Nummer 1, Januar 2002, S. 207–210, ISSN 1362-4962. PMID 11752295. PMC 99122 (freier Volltext).

[2] T. Barrett, S. E. Wilhite, P. Ledoux, C. Evangelista, I. F. Kim, M. Tomashevsky, K. A. Marshall, K. H. Phillippy, P. M. Sherman, M. Holko, A. Yefanov, H. Lee, N. Zhang, C. L. Robertson, N. Serova, S. Davis, A. Soboleva: NCBI GEO: archive for functional genomics data sets–update. In: Nucleic acids research. Band 41, Database issueJanuar 2013, S. D991–D995, ISSN 1362-4962. doi:10.1093/nar/gks1193. PMID 23193258. PMC 3531084 (freier Volltext).

[3] A. Brazma, P. Hingamp, J. Quackenbush, G. Sherlock, P. Spellman, C. Stoeckert, J. Aach, W. Ansorge, C. A. Ball, H. C. Causton, T. Gaasterland, P. Glenisson, F. C. Holstege, I. F. Kim, V. Markowitz, J. C. Matese, H. Parkinson, A. Robinson, U. Sarkans, S. Schulze-Kremer, J. Stewart, R. Taylor, J. Vilo, M. Vingron: Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data. In: Nature genetics. Band 29, Nummer 4, Dezember 2001, S. 365–371, ISSN 1061-4036. doi:10.1038/ng1201-365. PMID 11726920.

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