6-Carboxyfluorescein

chemische Verbindung
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6-Carboxyfluorescein (6-FAM) ist ein Fluoreszenzfarbstoff mit einer Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm.[1] Er kann sowohl in die Gruppe der Triphenylmethanfarbstoffe, als auch der Xanthenfarbstoffe eingeordnet werden. 6-FAM findet Verwendung in der Sequenzierung von Nukleinsäuren und in der Markierung von Nukleotiden.

Strukturformel
Strukturformel von 6-Carboxyfluorescin
Allgemeines
Name 6-Carboxyfluorescein
Andere Namen
  • 3′,6′-Dihydroxy-1-oxospiro[2-benzofuran-3,9′-xanthen]-5-carbonsäure (IUPAC)
  • 3′,6′-Dihydroxy-3-oxospiro[isobenzofuran-1(3H),9′-(9H)xanthen]-6-carbonsäure
  • 6-FAM
  • FLUOS
Summenformel C21H12O7
Kurzbeschreibung

roter Feststoff[1]

Externe Identifikatoren/Datenbanken
CAS-Nummer 3301-79-9
EG-Nummer (Listennummer) 636-503-2
ECHA-InfoCard 100.164.295
PubChem 76806
ChemSpider 69262
Wikidata Q245486
Eigenschaften
Molare Masse 376,32 g·mol−1
Aggregatzustand

fest

Schmelzpunkt

>300 °C[2]

Löslichkeit

löslich in DMF oder DMSO[1]

Sicherheitshinweise
GHS-Gefahrstoffkennzeichnung[2]
keine GHS-Piktogramme

H- und P-Sätze H: keine H-Sätze
P: keine P-Sätze[2]
Soweit möglich und gebräuchlich, werden SI-Einheiten verwendet.
Wenn nicht anders vermerkt, gelten die angegebenen Daten bei Standardbedingungen (0 °C, 1000 hPa).

Die häufig anzutreffende Bezeichnung FAM ist nicht korrekt, trägt aber der Tatsache Rechnung, dass das kommerziell erhältliche Produkt aus den beiden Isomeren 5-FAM und 6-FAM besteht.[3]

Verwendung

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Bei der quantitativen Analyse von Nukleinsäuren mittels Real-Time-PCR wird das Phosphoramidit-Derivat 6-FAM-phosphoramidit eingesetzt. Bei diesem sind neben der Einführung des Phosphoramiditrestes die Hydroxygruppen von 6-FAM an den Positionen 3′ und 6′ mit Dimethylpropansäure verestert. Womit sich die Absorptions- und Emissionswellenlängen von 6-FAM-phosphoramidit und 6-Carboxyfluorescein unterscheiden.

Ein weiteres bekanntes Derivat von 6-Carboxyfluorescein ist sein Succinimidylester,[4] das die gleiche Anwendung findet, wie das Phosphoramidit, im Gegensatz zu diesem aber wie 6-FAM eine Absorptionswellenlänge von 495 nm und einer Emissionswellenlänge von 517 nm besitzt.[5]

Eigenschaften

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Neben der offenen Carbonsäureform existiert, ebenso wie beim Fluorescein, die Spiro-Lacton-Form als Tautomer:

 
Tautomerie

Einzelnachweise

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  1. a b c Eintrag zu 6-FAM bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.
  2. a b c Datenblatt 6-Carboxyfluorescein, ~97% (HPLC) bei Sigma-Aldrich, abgerufen am 27. Oktober 2016 (PDF).
  3. Eintrag zu 6-Carboxyfluorescein in der ChemIDplus-Datenbank der United States National Library of Medicine (NLM) (Seite nicht mehr abrufbar)
  4. M. Adamczyk, J. R. Fishpaugh, K. J. Heuser: Preparation of succinimidyl and pentafluorophenyl active esters of 5- and 6-carboxyfluorescein. In: Bioconjug. Chem. 1997, 8 (2), S. 253–255. PMID 9095369.
  5. Eintrag zu 6-FAM, SE bei Anaspec, abgerufen am 23. Oktober 2016.

Literatur

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  • J. W. Brandis: Dye structure affects Taq DNA polymerase terminator selectivity. In: Nucleic Acids Res. 27(8), 1999, S. 1912–1918. PMID 10101201. (PDF)
  • J. A. Jordan u. a.: TaqMan-based detection of Trichomonas vaginalis DNA from female genital specimens. In: J. Clin. Microbiol. 39(11), 2001, S. 3819–3822. PMID 11682492. PDF