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Dies ist eine Übersetzung des englischen Wikipedia-Artikels "CpG site", v2016-11-22_16h15 (Version "16:15, 22 November 2016"‎)


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Artikel "CpG site" - CpG-Stelle Bearbeiten

 
Links: Aller 10 Nukleotide kommt eine CpG-Stelle vor (Häufigkeit ca. 1/10), wodurch eine CpG-Insel gebildet wird. Das Beispiel zeigt einen Gen-Promotor-Bereich und das hervorgehobne ATG ist das Startcodon.
Rechts: Aller 100 Nukleotide kommt eine CpG-Stelle vor (Häufigkeit ca. 1/100). Das Beispiel zeigt einen "normalen" Genom-Abschnitt, der gewöhnlich methyliert ist.
 
CpG, "—C—Phosphorsäure—G—"-Nukleotide auf DNA-Stang Eins (links) und komplementäre Basenpaarung auf DNA-Strang zwei (rechts)

Die CpG-Stellen oder CG-Stellen sind DNA-Bereiche, in denen ein Guanin-Nukleotid einem Cytosin-Nukleotid in der linearen Sequenz von Basen entlang seiner 5 '→ 3'-Richtung folgt. "CpG" ist eine Kurzschrift für 5'-C-Phosphat-G-3', d. h., Cytosin und Guanin sind durch nur ein Phosphat getrennt. Genau ein Phosphat verbindet alle Nukleosid-Folgen aus zwei Bausteinen in der DNA miteinander. Die CpG-Notation wird verwendet, um diese einzelsträngige lineare Sequenz von der C-G-Basenpaarung von Cytosin und Guanin für doppelsträngige Sequenzen zu unterscheiden. Die CpG-Notation ist daher so zu interpretieren, dass das Cytosin zu der Guaninbase 5' ist. CpG sollte nicht mit GpC verwechselt werden, wobei letzteres bedeutet, dass einem Guanin ein Cytosin in der (5 '→ 3')-Richtung einer einzelsträngigen Sequenz folgt. Cytosine in CpG-Dinukleotiden können zu 5-Methylcytosin methyliert werden. Bei Säugetieren kann die Methylierung des Cytosins innerhalb eines Gens seine Expression verändern, ein Mechanismus, der Teil eines größeren Wissenschaftsfeldes ist, das die Genregulation studiert und Epigenetik genannt wird. Enzyme, die eine Methylgruppe addieren, heißen DNA-Methyltransferasen.

In Säugetieren sind etwa 70 bis 80 % der Cytosine methyliert. [1] [1]

Unmethylierte CpG-Dinukleotidstellen können durch den sogenannten "Toll-like receptor 9" (TLR 9) [2] [2] an plasmazytodendendritischen Zellen, Monozyten, natürlichen Killerzellen (NK) und B-Zellen beim Menschen erkannt werden. Dies wird genutzt, um intrazelluläre Virusinfektionen nachzuweisen.

Bei CpG-Dinukleotiden ist seit langem beobachtet worden, dass sie mit einer viel niedrigeren Frequenz in der Sequenz in Vertebraten-Genomen aufzutreten, als bei einer zufälligen Verteilung erwartet werden würde. Zum Beispiel würde im menschlichen Genom, das einen GC-Gehalt von 42% aufweist, ein Paar von Nukleotiden, bestehend aus Cytosin gefolgt von Guanin, mit 0,21 * 0,21 = 4,41 % Häufigkeit auftreten. Die Häufigkeit von CpG-Dinukleotiden in menschlichen Genomen beträgt 1% - weniger als ein Viertel der erwarteten Häufigkeit. Scarano et al. nahmen an, dass der CpG-Mangel auf eine erhöhte Anfälligkeit von Methylcytosinen zur spontanen Deaminierung zu Thymin in Genomen mit CpG-Cytosin-Methylierung zurückzuführen ist. [3] [3] Die Gesamtzahl der CpG-Stellen beim Menschen beträgt 28 Millionen. [4] [4]

CpG islands - CpG-Inseln Bearbeiten

 
Wie die Methylierung von CpG-Stellen durch spontane Deaminierung zu einem Mangel an CpG-Stellen in methylierter DNA führt. Als Ergebnis werden die verbleibenden CpG-Inseln in Bereichen erzeugt, in denen die Methylierung selten ist und CpG-Stellen verbleiben (oder bei denen die C-nach-T-Mutation stark nachteilig ist).

CpG-Inseln (auch CG-Inseln) sind Bereiche mit hoher CpG-Stellen-Häufigkeit, da objektive Definitionen für CpG-Inseln begrenzt sind. Die übliche formale Definition einer CpG-Insel verlangt eine Region von mindestens 200 bp Länge, deren GC-Gehalt größer als 50% ist und deren CpG-Verhältnis "beobachtet-zu-erwartet" größer als 60 % ist. (Vorlage "clarify", "date=June 2014") Das "Beobachtet-zu-erwartet-CpG-Verhältnis" kann abgeleitet werden, wobei "beobachtet" folgendermaßen berechnet wird:

 

Für "Erwartet" gilt:

  [5][5]

bzw.

  [6][6]

Viele Gene in Säugetier-Genomen haben CpG-Inseln, die mit den Start-Bereichen dieser Gene assoziiert sind (Promotor-Bereiche). [7] [7] Daher wird das Vorhandensein einer GpC-Insel als Hilfe für die Vorhersage und Annotierung von Genen genutzt. In Säugetier-Genomen sind CpG-Inseln typischerweise 300 bis 3000 Bassenpaare lang und werden bei ca. 40&nsbp;% der Gene von Säugetieren in den Promotor-Regionen oder in deren Nähe gefunden. [8] [8] Ungefähr 70 % der menschlichen Promotoren haben einen hohen GC-Gehalt. Die Anzahl der CpG-Dinukleotide ist sehr viel geringer als man es bei der gegebenen Häufigkeit der GC-Zwei-Basen-Sequenzen erwarten würde. [6] [6]

Eine Studie (2002) hat die Rolle der CpG-Insel-Vorhersage revidiert, um andere GC-reiche genomische Sequenzen, wie z. B. Alu-Repeats auszuschließen. Auf der Grundlage der vollständigen Sequenzen der menschlichen Chromosomen 21 und 22 wurden extensive Untersuchungen durchgeführt, die solche DNA-Regionen, die größer als 500 bp sind, die mit dem 5'-Bereich von Genen assoziiert sind, die einen GC-Gehalt >55 % aufweisen und die ein "Beobachtet-zu-erwartet-CpG-Verhältnis" von 65  aufweisen als "wahre" CpG-Inseln eingestuft. [9] [9]

CpG-Inseln sind durch einen CpG-Gehalt von mindestens 60% von dem, was statistisch erwartet werden würde (ca. 4 bis 6 %), gekennzeichnet, während der Rest vom Genom eine deutlich geringere CpG-Häufigkeit (ca. 1 %) aufweist. Dieses Phänomen wird CG-Suppression genannt. Die CpG-Stellen in den CpG-Inseln sind, anders als die CpG-Stellen in den codierenden Regionen, in den meisten Fällen nicht methyliert. Diese Beobachtung führte zu der Annahme, das die Methylierung von CpG-Stellen im Promotor eines Genes dessen Expression inhibieren könnte. Die Mehylierung spielt zusammen mit den HistonModifikationen eine entscheidende Rolle beim Imprinting. [10] [10] Die meisten Methylierungsunterschiede zwischen Geweben oder zwischen normalen Proben und Krebsproben treten eher in der Nähe von als direkt in den CpG-Inseln auf, sozusagen an den "Küsten" der "Inseln" ("CpG island shores"). [11] [11]

GpG-Inseln liegen typischerweise, besonders bei "Haushaltsgenen" (housekeeping genes) von Wirbeltieren an den Transkriptionsstart-Stellen oder in deren Nähe. [6] [6] Eine C (Base Cytosin) dem direkt ein G (Base Guanin) folgt, ist in der Wirbeltier-DNA selten, weil die Cytosine in solch einer Konstellation dazu tendieren, methyliert zu werden. Diese Methylierung hilft dabei, den neu synthetisierten DNA-Strang vom Eltern-Strang zu unterscheiden. Das hilft bei den letzten Stadien des der "Korrekturlesung" (Proofreading) nach der Duplikation. Allerdings tendieren die methylierten Cytosine dazu, sich nach und nach durch spontane Deaminierung in Thymine umzuwandeln. Es gibt beim Menschen ein spezielles Enzym, TDG (Thymin-DNA-Glycosylase), das die T's in T/G-Falschpaarung beseitigt. Wie auch immer, aufgrund der Seltenheit von CpGs wird vermutet, das TDG zu uneffektiv arbeitet, um die Dinukleotide vor ihrer möglicherweise rapiden Veränderung zu schützen. Die Existenz der CpG-Inseln wird gewöhnlich durch das Vorhandensein selektiver Kräfte erklärt, die einen hohen GpC-Gehalt bzw. einen geringen Methylierungsgard in dem genomischen Bereich bewirken, was vielleicht mit der Regulation der Genexpressin zu tun hat. Eine neuere Studie (2011) zeigte, das die meisten CpG-Inseln das Resultat nicht-selektiver Kräfte ist. [12] [12]

Methylation, silencing, cancer, and aging - Methylierung, Stummschaltung, Krebs und Alterung Bearbeiten

 
Die Abbildung zeigt den hypothetischen, evolutionären Mechanismus der CpG-Insel-Entstehung. CpG-site: CpG-Stelle;Methylated CpG-site: Methylierte CpG-Stelle; Ancestral genome: Ahnengenom; Evolutionary timescale: Evolutionärer Zeitrahmen; Modern genome: Modernes Genom; CpG island: CpG-Insel;

CpG islands in promoters - CpG-Inseln in Promotoren Bearbeiten

Beim Menschen enthalten etwa 70% der Promotoren, die sich nahe der Transkriptionsstartstelle eines Gens befinden (proximale Promotoren), eine CpG-Insel. [13] [14] [13] [14]

Promotoren, die in einem Abstand von der Transkriptionsstartstelle eines Gens angeordnet sind, enthalten auch häufig CpG-Inseln. Ein Beispiel ist der Promotor des DNA-Reparatur-Gens ERCC1, wo sich der CpG-Insel-enthaltende Promotor etwa 5400 Nucleotide stromaufwärts der kodierenden Region des ERCC1-Gens befindet. [15] [15] CpG-Inseln treten auch häufig in Promotoren für funktionelle nicht-kodierende RNAs wie microRNAs auf. [16] [16]

Methylation of CpG islands stably silences genes - Die Methylierung von CpG-Inseln schaltet Gene stabil stumm Bearbeiten

Beim Menschen erfolgt die DNA-Methylierung an der 5'-Position des Pyrimidinrings der Cytosinreste innerhalb von CpG-Stellen, um 5-Methylcytosine zu bilden. Die Anwesenheit von mehreren methylierten CpG-Stellen in CpG-Inseln von Promotoren bewirkt ein stabiles Stummschalten von Genen. [17] [17] Dieses sogennannte Silencing eines Gens kann durch andere Mechanismen initiiert werden, aber es folgt dann häufig eine Methylierung von CpG-Stellen in der Promotor-CpG-Insel, um das stabile Silencing des Gens zu bewirken. [17] [17]

Promoter CpG hyper/hypo-methylation in cancer - Hyper- und Hypo-Methylierung von CpG an Promotoren bei Krebs Bearbeiten

In Krebsarten tritt der Verlust der Expression von Genen etwa 10 mal häufiger durch Hypermethylierung von Promotor-CpG-Inseln als durch Mutationen auf. Vogelstein et al. weisen darauf hin, dass bei einem Darmkrebs in der Regel etwa 3 bis 6 sogenannte Driver-Mutationen und 33 bis 66 Hitchhiking- bzw. Passenger-Mutationen. [18] [18] Im Gegensatz dazu wurden in einer Vergleichsstudie mit Dickdarmtumoren und benachbarter, normal erscheinender Dickdarmschleimhaut 1734 CpG-Inseln in Tumoren stark methyliert, während diese CpG-Inseln in der benachbarten Mukosa nicht methyliert wurden. [19] [19] Die Hälfte der CpG-Inseln befanden sich in Promotoren von annotierten Protein-kodierenden Genen [19], [19] was nahelegt, dass etwa 867 Gene in einem Kolontumor durch die CpG-Inselmethylierung ihre Expression verloren hatten. In einer separaten Studie wurden durchschnittlich 1549 differenziell methylierte Bereiche (hypermethyliert oder hypomethyliert) in den Genomen von sechs Darmkrebsarten (im Vergleich zur benachbarten Mukosa) gefunden, von denen 629 in bekannten Promotorregionen von Genen vorkammen [20]. [20] Eine dritte Studie befand mehr als 2000 Gene zwischen Darmkrebs und benachbarten Schleimhaut als unterschiedlich methyliert. Unter Verwendung einer gene set enrichment analysis (etwa Gensatz-Anreicherungsanalyse) wurden bei Krebs 569 von 938 Gensätzen hypermethyliert und 369 wurden hypomethyliert. [21] [21] Hypomethylierung von CpG-Inseln in Promotoren führt zu einer Überexpression der betroffenen Gene oder Gen-Sets.

Eine Studie von 2012 führte 147 spezifische Gene auf, die mit Darmkrebs-assoziierte, hypermethylierte Promotoren hatten und zeigte die Häufigkeit, mit der diese Hypermethylierungen in Darmkrebs festgestellt wurden. [22] [22] Mindestens 10 dieser Gene hatten zu fast 100% hypermethylierte Promotoren wenn Darmkrebs vorlag. Die Studie zeigte auch 11 microRNAs auf, deren Promotoren bei Dickdarmkrebs mit Frequenzen zwischen 50% und 100% hypermethyliert wurden. MicroRNAs (miRNAs) sind kleine endogene RNAs, die mit Sequenzen in Messenger-RNAs verknüpft sind, um die posttranskriptionelle Repression zu steuern. Auf jeden Fall unterdrückt jedes microRNA mehrere Hundert Zielgene. [23] [23] Somit können microRNAs mit hypermethylierten Promotoren eine Überexpression von Hunderten bis Tausenden von Genen bei einem Krebs ermöglichen. Die obigen Informationen zeigen, dass in den Krebsarten der Promotor CpG Hyper / Hypomethylierung von Genen und von microRNAs Verlust der Expression (oder manchmal erhöhte Expression) von weit mehr Genen verursacht als Mutation.

DNA repair genes with hyper/hypo-methylated promoters in cancers - DNA-Reparatur-Gene mit hyper- und hypomethylierten Promotoren bei Krebs Bearbeiten

DNA-Reparatur-Gene werden bei Krebs häufig aufgrund der Hypermethylierung von CpG-Inseln in ihren Promotoren unterdrückt. In Kopf- und Hals-Plattenepithelkarzinomen haben mindestens 15 DNA-Reparatur-Gene häufig hypermethylierte Promotoren. Diese Gene sind XRCC1, MLH3, PMS1, RAD51B, XRCC3, RAD54B, BRCA1, SHFM1, GEN1, FANCE, FAAP20, SPRTN, SETMAR, HUS1 und PER1. [24] [24] Bei über siebzehn Arten von Krebs funktionieren häufig ein oder mehrere DNA-Reparatur-Gene aufgrund der Hypermethylierung ihrer Promotoren mangelhaft. [25] [26] [25] [26] Als Beispiel findet die Promotor-Hypermethylierung des DNA-Reparaturgens MGMT in 93% Blasenkrebs, 88% Magenkrebs, 74% Schilddrüsenkrebs, 40% -90% colorektaler Krebs und 50% Hirnkrebs statt. Promotor-Hypermethylierung von LIG4 tritt zu 82% bei Darmkrebs auf. Promotor Hypermethylierung von NEIL1 tritt zu 62% bei Kopf-und Hals-Krebs und zu 42% beim Non-small-cell-("nicht-kleinzelligen")-Lungenkrebs auf. Promotor Hypermetylierung von ATM tritt zu 47% bei nicht-kleinzelligen Lungenkrebs auf. Promotor Hypermethylierung von MLH1 tritt zu 48% beim "Non-small-cell lung cancer squamous cell carcinomas" (bei Plattenepithelkarzinomen des Nicht-kleinzelligen-Lungenkrebs) auf. Promotor Hypermethylierung von FANCB tritt zu 46% der Kopf-Hals-Tumoren auf. Auf der anderen Seite wurden die Promotoren von zwei Genen PARP1 und FEN1 hypomethyliert und diese Gene wurden in zahlreichen Krebsarten überexprimiert. PARP1 und FEN1 sind essentielle Gene im fehleranfälligen und mutagenen DNA-Reparaturweg des microhomology-mediated end joining (der "Mikrohomologie-vermittelten Endverbindung"). Wenn dieser Weg überexprimiert (und damit überfordert) wird, können die überschüssigen Mutationen, die sie verursachen, zu Krebs führen. PARP1 wird bei Tyrosinkinase-aktivierten Leukämien, [27] [27] beim Neuroblastom [28] [28] in Hoden- und anderen Keimzelltumoren. [29] [29] und im Ewing-Sarkom [30] überexprimiert. [30]

FEN1 wird in der Mehrheit der Krebserkrankungen in der Brust [31] [31] in der Prostata, [32] [32] im Magen, [33] [34] [33] [34] bei Neuroblastomen, [35] [35] in der Pankreas (Bauspeicheldrüse), [36] [36] und in der Lunge [37] [37]

DNA-Schädigung scheint die primäre Grundursache für Krebs zu sein. [38] [39] [38] [39] Wenn die genaue DNA-Reparatur mangelhaft ist, neigen DNA-Schäden dazu, sich zu akkumulieren. Eine solche überschüssige DNA-Schädigung kann Mutationsfehler während der DNA-Replikation aufgrund einer fehleranfälligen TLS erhöhen (TLS - Translesion sythesis - Über Läsionen der DNA hinweg sythethisieren"). Ei n Überschuss an DNA-Schäden kann aufgrund von Fehlern während der DNA-Reparatur auch die epigenetischen Modifikationen steigern. [40] [41] [40] [41] Solche Mutationen und epigenetischen Veränderungen können Krebs erzeugen (siehe bösartige Neubildungen). Somit sind CpG-Insel-Hyper- und Hypo-Methylierung in den Promotoren der DNA-Reparatur-Gene wahrscheinlich zentral für Entwicklung Krebs.

Da das Alter eine starke Wirkung auf DNA-Methylierungsniveaus von Zehntausenden von CpG-Stellen hat, kann man bei Menschen und Schimpansen eine hochgenaue biologische Uhr definieren, als epigenetische Uhr oder das DNA-Methylierungsalter bezeichnet wird. [42] [42]

See also - Siehe auch Bearbeiten

References - Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ↑ Jabbari K, Bernardi G: Cytosine methylation and CpG, TpG (CpA) and TpA frequencies. In: Gene. Band 333, Mai 2004, S. 143–149, doi:10.1016/j.gene.2004.02.043, PMID 15177689 (elsevier.com).
  2. ↑ Ramirez-Ortiz ZG, Specht CA, Wang JP, Lee CK, Bartholomeu DC, Gazzinelli RT, Levitz SM: Toll-like receptor 9-dependent immune activation by unmethylated CpG motifs in Aspergillus fumigatus DNA. In: Infect Immun. Band 76, Nr. 5, 2008, S. 2123–2129, doi:10.1128/IAI.00047-08, PMID 18332208, PMC 2346696 (freier Volltext).
  3. ↑ Scarano E, Iaccarino M, Grippo P, Parisi E: The heterogeneity of thymine methyl group origin in DNA pyrimidine isostichs of developing sea urchin embryos. In: Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Band 57, Nr. 5, 1967, S. 1394–400, doi:10.1073/pnas.57.5.1394, PMID 5231746, PMC 224485 (freier Volltext).
  4. ↑ stevens M, Cheng J, Li D, Xi M, Hong C, Maire C, Ligon K, Hirst M, Marra M, Costello J, Wang T: Estimating absolute methylation levels at single-CpG resolution from methylation enrichment and restriction enzyme sequencing methods. In: genome research. Band 23, 2013, S. 1541–1553, doi:10.1101/gr.152231.112, PMID 23804401, PMC 3759729 (freier Volltext).
  5. ↑ Gardiner-Garden M, Frommer M: CpG islands in vertebrate genomes. In: Journal of Molecular Biology. Band 196, Nr. 2, 1987, S. 261–282, doi:10.1016/0022-2836(87)90689-9, PMID 3656447 (sciencedirect.com).
  6. ↑ a b c Saxonov S, Berg P, Brutlag DL: A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters. In: Proc Natl Acad Sci USA. Band 103, Nr. 5, 2006, S. 1412–1417, doi:10.1073/pnas.0510310103, PMID 16432200, PMC 1345710 (freier Volltext).
  7. ↑ Hartl DL, Jones EW: Genetics: Analysis of Genes and Genomes. Hrsg.: Jones & Bartlett, Canada. 6th Auflage. Missisauga 2005, ISBN 0-7637-1511-5, S. 477.
  8. ↑ Fatemi M, Pao MM, Jeong S, Gal-Yam EN, Egger G, Weisenberger DJ, Jones PA: Footprinting of mammalian promoters: use of a CpG DNA methyltransferase revealing nucleosome positions at a single molecule level. In: Nucleic Acids Res. Band 33, Nr. 20, 2005, S. e176, doi:10.1093/nar/gni180, PMID 16314307, PMC 1292996 (freier Volltext).
  9. ↑ Takai D, Jones PA: Comprehensive analysis of CpG islands in human chromosomes 21 and 22. In: Proc Natl Acad Sci USA. Band 99, Nr. 6, 2002, S. 3740–5, doi:10.1073/pnas.052410099, PMID 11891299, PMC 122594 (freier Volltext) – (pnas.org).
  10. ↑ Feil R, Berger F: Convergent evolution of genomic imprinting in plants and mammals. In: Trends Genet. Band 23, Nr. 4, 2007, S. 192–199, doi:10.1016/j.tig.2007.02.004, PMID 17316885.
  11. ↑ Irizarry RA, Ladd-Acosta C, Wen B, Wu Z, Montano C, Onyango P, Cui H, Gabo K, Rongione M, Webster M, Ji H, Potash JB, Sabunciyan S, Feinberg AP: The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores journal=Nature Genetics. Band 41, Nr. 2, 2009, S. 178–186, doi:10.1038/ng.298, PMID 19151715, PMC 2729128 (freier Volltext).
  12. ↑ Cohen N, Kenigsberg E, Tanay A: Primate CpG Islands Are Maintained by Heterogeneous Evolutionary Regimes Involving Minimal Selection. In: Cell. Band 145, Nr. 5, 2011, S. 773–786, doi:10.1016/j.cell.2011.04.024, PMID 21620139.
  13. ↑ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL: A genome-wide analysis of CpG dinucleotides in the human genome distinguishes two distinct classes of promoters. In: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. Band 103, Nr. 5, 2006, S. 1412–7, doi:10.1073/pnas.0510310103, PMID 16432200, PMC 1345710 (freier Volltext).
  14. ↑ Deaton AM, Bird A: CpG islands and the regulation of transcription. In: Genes Dev. Band 25, Nr. 10, 2011, S. 1010–22, doi:10.1101/gad.2037511, PMID 21576262, PMC 3093116 (freier Volltext).
  15. ↑ Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP: Role of ERCC1 promoter hypermethylation in drug resistance to cisplatin in human gliomas. In: Int. J. Cancer. Band 126, Nr. 8, 2010, S. 1944–54, doi:10.1002/ijc.24772, PMID 19626585.
  16. ↑ Kaur S, Lotsari-Salomaa JE, Seppänen-Kaijansinkko R, Peltomäki P: MicroRNA Methylation in Colorectal Cancer. In: Adv. Exp. Med. Biol. Band 937, 2016, S. 109–22, doi:10.1007/978-3-319-42059-2_6, PMID 27573897.
  17. ↑ a b Bird A: DNA methylation patterns and epigenetic memory. In: Genes Dev. Band 16, Nr. 1, 2002, S. 6–21, doi:10.1101/gad.947102, PMID 11782440.
  18. ↑ Vogelstein B, Papadopoulos N, Velculescu VE, Zhou S, Diaz LA, Kinzler KW: Cancer genome landscapes. In: Science. Band 339, Nr. 6127, 2013, S. 1546–58, doi:10.1126/science.1235122, PMID 23539594, PMC 3749880 (freier Volltext).
  19. ↑ a b Illingworth RS, Gruenewald-Schneider U, Webb S, Kerr AR, James KD, Turner DJ, Smith C, Harrison DJ, Andrews R, Bird AP: Orphan CpG islands identify numerous conserved promoters in the mammalian genome. In: PLoS Genet. Band 6, Nr. 9, 2010, S. e1001134, doi:10.1371/journal.pgen.1001134, PMID 20885785, PMC 2944787 (freier Volltext).
  20. ↑ Wei J, Li G, Dang S, Zhou Y, Zeng K, Liu M: Discovery and Validation of Hypermethylated Markers for Colorectal Cancer. In: Dis. Markers. Band 2016, 2016, S. 2192853, doi:10.1155/2016/2192853, PMID 27493446, PMC 4963574 (freier Volltext).
  21. ↑ Beggs AD, Jones A, El-Bahrawy M, El-Bahwary M, Abulafi M, Hodgson SV, Tomlinson IP: Whole-genome methylation analysis of benign and malignant colorectal tumours. In: J. Pathol. Band 229, Nr. 5, 2013, S. 697–704, doi:10.1002/path.4132, PMID 23096130, PMC 3619233 (freier Volltext).
  22. ↑ Schnekenburger M, Diederich M: Epigenetics Offer New Horizons for Colorectal Cancer Prevention. In: Curr Colorectal Cancer Rep. Band 8, Nr. 1, 2012, S. 66–81, doi:10.1007/s11888-011-0116-z, PMID 22389639, PMC 3277709 (freier Volltext).
  23. ↑ Friedman RC, Farh KK, Burge CB, Bartel DP: Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs. In: Genome Res. Band 19, Nr. 1, 2009, S. 92–105, doi:10.1101/gr.082701.108, PMID 18955434, PMC 2612969 (freier Volltext).
  24. ↑ Rieke DT, Ochsenreither S, Klinghammer K, Seiwert TY, Klauschen F, Tinhofer I, Keilholz U: Methylation of RAD51B, XRCC3 and other homologous recombination genes is associated with expression of immune checkpoints and an inflammatory signature in squamous cell carcinoma of the head and neck, lung and cervix. In: Oncotarget. 2016, doi:10.18632/oncotarget.12211, PMID 27683114.
  25. ↑ Carol Bernstein and Harris Bernstein (2015). Epigenetic Reduction of DNA Repair in Progression to Cancer, Advances in DNA Repair, Prof. Clark Chen (Ed.), ISBN 978-953-51-2209-8, InTech, Available from: http://www.intechopen.com/books/advances-in-dna-repair/epigenetic-reduction-of-dna-repair-in-progression-to-cancer
  26. ↑ Jin B, Robertson KD: DNA methyltransferases, DNA damage repair, and cancer. In: Adv. Exp. Med. Biol. Band 754, 2013, S. 3–29, doi:10.1007/978-1-4419-9967-2_1, PMID 22956494, PMC 3707278 (freier Volltext).
  27. ↑ Muvarak N, Kelley S, Robert C, Baer MR, Perrotti D, Gambacorti-Passerini C, Civin C, Scheibner K, Rassool FV: c-MYC Generates Repair Errors via Increased Transcription of Alternative-NHEJ Factors, LIG3 and PARP1, in Tyrosine Kinase-Activated Leukemias. In: Mol. Cancer Res. Band 13, Nr. 4, 2015, S. 699–712, doi:10.1158/1541-7786.MCR-14-0422, PMID 25828893, PMC 4398615 (freier Volltext).
  28. ↑ Newman EA, Lu F, Bashllari D, Wang L, Opipari AW, Castle VP: Alternative NHEJ Pathway Components Are Therapeutic Targets in High-Risk Neuroblastoma. In: Mol. Cancer Res. Band 13, Nr. 3, 2015, S. 470–82, doi:10.1158/1541-7786.MCR-14-0337, PMID 25563294.
  29. ↑ Mego M, Cierna Z, Svetlovska D, Macak D, Machalekova K, Miskovska V, Chovanec M, Usakova V, Obertova J, Babal P, Mardiak J: PARP expression in germ cell tumours. In: J. Clin. Pathol. Band 66, Nr. 7, 2013, S. 607–12, doi:10.1136/jclinpath-2012-201088, PMID 23486608.
  30. ↑ Newman RE, Soldatenkov VA, Dritschilo A, Notario V: Poly(ADP-ribose) polymerase turnover alterations do not contribute to PARP overexpression in Ewing's sarcoma cells. In: Oncol. Rep. Band 9, Nr. 3, 2002, S. 529–32, doi:10.3892/or.9.3.529, PMID 11956622.
  31. ↑ Singh P, Yang M, Dai H, Yu D, Huang Q, Tan W, Kernstine KH, Lin D, Shen B: Overexpression and hypomethylation of flap endonuclease 1 gene in breast and other cancers. In: Mol. Cancer Res. Band 6, Nr. 11, 2008, S. 1710–7, doi:10.1158/1541-7786.MCR-08-0269, PMID 19010819, PMC 2948671 (freier Volltext).
  32. ↑ Lam JS, Seligson DB, Yu H, Li A, Eeva M, Pantuck AJ, Zeng G, Horvath S, Belldegrun AS: Flap endonuclease 1 is overexpressed in prostate cancer and is associated with a high Gleason score. In: BJU Int. Band 98, Nr. 2, 2006, S. 445–51, doi:10.1111/j.1464-410X.2006.06224.x, PMID 16879693.
  33. ↑ Kim JM, Sohn HY, Yoon SY, Oh JH, Yang JO, Kim JH, Song KS, Rho SM, Yoo HS, Yoo HS, Kim YS, Kim JG, Kim NS: Identification of gastric cancer-related genes using a cDNA microarray containing novel expressed sequence tags expressed in gastric cancer cells. In: Clin. Cancer Res. Band 11, 2 Pt 1, 2005, S. 473–82, PMID 15701830.
  34. ↑ Wang K, Xie C, Chen D: Flap endonuclease 1 is a promising candidate biomarker in gastric cancer and is involved in cell proliferation and apoptosis. In: Int. J. Mol. Med. Band 33, Nr. 5, 2014, S. 1268–74, doi:10.3892/ijmm.2014.1682, PMID 24590400.
  35. ↑ Krause A, Combaret V, Iacono I, Lacroix B, Compagnon C, Bergeron C, Valsesia-Wittmann S, Leissner P, Mougin B, Puisieux A: Genome-wide analysis of gene expression in neuroblastomas detected by mass screening. In: Cancer Lett. Band 225, Nr. 1, 2005, S. 111–20, doi:10.1016/j.canlet.2004.10.035, PMID 15922863.
  36. ↑ Iacobuzio-Donahue CA, Maitra A, Olsen M, Lowe AW, van Heek NT, Rosty C, Walter K, Sato N, Parker A, Ashfaq R, Jaffee E, Ryu B, Jones J, Eshleman JR, Yeo CJ, Cameron JL, Kern SE, Hruban RH, Brown PO, Goggins M: Exploration of global gene expression patterns in pancreatic adenocarcinoma using cDNA microarrays. In: Am. J. Pathol. Band 162, Nr. 4, 2003, S. 1151–62, doi:10.1016/S0002-9440(10)63911-9, PMID 12651607, PMC 1851213 (freier Volltext).
  37. ↑ Nikolova T, Christmann M, Kaina B: FEN1 is overexpressed in testis, lung and brain tumors. In: Anticancer Res. Band 29, Nr. 7, 2009, S. 2453–9, PMID 19596913.
  38. ↑ Kastan MB: DNA damage responses: mechanisms and roles in human disease: 2007 G.H.A. Clowes Memorial Award Lecture. In: Mol. Cancer Res. Band 6, Nr. 4, 2008, S. 517–24, doi:10.1158/1541-7786.MCR-08-0020, PMID 18403632.
  39. ↑ Bernstein, C; Prasad, AR; Nfonsam, V; Bernstein, H.: Chapter 16: DNA Damage, DNA Repair and Cancer in New Research Directions in DNA Repair. 2013, ISBN 978-953-511-114-6, S. 413.
  40. ↑ O'Hagan HM, Mohammad HP, Baylin SB: Double strand breaks can initiate gene silencing and SIRT1-dependent onset of DNA methylation in an exogenous promoter CpG island. In: PLoS Genetics. Band 4, Nr. 8, 2008, S. e1000155, doi:10.1371/journal.pgen.1000155, PMID 18704159, PMC 2491723 (freier Volltext).
  41. ↑ Cuozzo C, Porcellini A, Angrisano T: DNA damage, homology-directed repair, and DNA methylation. In: PLoS Genetics. Band 3, Nr. 7, Juli 2007, S. e110, doi:10.1371/journal.pgen.0030110, PMID 17616978, PMC 1913100 (freier Volltext).
  42. ↑ Horvath S: DNA methylation age of human tissues and cell types. In: Genome Biology. Band 14, Nr. 10, 2013, S. R115, doi:10.1186/gb-2013-14-10-r115, PMID 24138928, PMC 4015143 (freier Volltext) – (genomebiology.com).
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