MDGRAPE-3

Supercomputer

MDGRAPE-3 ist ein Supercomputer, der vom japanischen Forschungsinstitut RIKEN für Zwecke der Molekulardynamik-Simulation, speziell für die Berechnung von Proteinstrukturen entworfen wurde.

Der Rechner besteht aus 201 Einheiten mit jeweils 24 MDGRAPE-3-Chips und zusätzlichen Dual-Core-Intel-Xeon-Prozessoren (Codename „Dempsey“), die als Host-Maschinen dienen.

Im Juni 2006 verkündete RIKEN die Fertigstellung des Systems, das eine Billiarde Gleitkommaoperationen pro Sekunde (1 Petaflop/s) durchführen kann. Das ist vergleichbar mit der Schnelligkeit des IBM Roadrunner, der die TOP500-Liste der schnellsten Supercomputer vom November 2008 anführt. Da MDGRAPE-3 kein System für allgemeine Berechnungen ist, sondern spezielle Aufgaben bearbeitet, konnte er sich wegen der Inkompatibilität zu LINPACK nicht für die TOP500-Liste qualifizieren. Deshalb wird das System oft als ein Beispiel für die negativen Aspekte LINPACKs genannt.

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