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Als inneralpine Becken werden größere Sedimentbecken der Alpen bezeichnet, die auf mehr als zwei Seiten von Gebirgsketten umgeben sind.

Die meisten dieser Becken sind Bildungen aus dem Erdzeitalter des Tertiär und stehen mit geologischen Störungslinien in Zusammenhang (Senkungsgebiete der Erdkruste). Die Sedimente sind im Allgemeinen fluviatil oder stammen aus den Eiszeiten.

Beispiele für inneralpine Becken in den Ostalpen sind Teile des Tiroler Inntals, das Bozener Becken, der Lungau und das Zeller–Saalfeldener Becken im Salzburgischen, das Lienzer Becken und das Fohnsdorfer Becken in der Steiermark. Die westliche Fortsetzung des Wiener Beckens bei Korneuburg bildet eine Mischform aus Inneralpinem und randalpinem Becken.

Die inneralpinen Becken und Talungen sind durch Schutzlage sowohl gegen atlantische und polare Kaltluft geschützt, und typische Föhntäler und haben dadurch für das Alpenklima überdurchschnittliche Jahrestemperaturen, andererseits aber auch deutlich verminderte Niederschläge sowohl aus Nord wie Süd, und sind daher auch besonders schneearm. Das innere Salzkammergut etwa liegt aber voll im Nordstau des mitteleuropäischen Übergangsklimas, und ist umgekehrt bekannt regenreich.

Viele der Becken weisen im Untergrund Lagerstätten von Erdöl und Erdgas auf. Sie sind daher Gegenstand intensiver geophysikalischer Prospektion mittels Gravimetrie, Seismik und Tiefbohrungen.

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