Diskussion:Systematik der Bakterien

Diskussionen und Fragen zum Thema Systematik selbst bitte in die Diskussion des WikiProjekts Mikroorganismen stellen. --Bollisee 12:25, 7. Jan. 2009 (CET)

Einleitung

Der einleitende Satz lautet: Die Einteilung der Bakterien und Archaeen in das System der Taxonomie ist nicht ganz unumstritten. Ich erkenne darin nicht sicher das Gemeinte. Es wäre mir klarer, wenn taxonomische Aufteilung statt Einteilung stünde. Aber dann wäre mir noch unklarer, was mit in das System der Taxonomie gemeint ist. Sinnvoll fände ich Die taxonomische Aufteilung der Bakterien und Archaeen ist nicht ganz unumstritten. Aber wenn das gemeint wäre, würde man es ja wohl auch so schreiben. Kann mir jemand erklären, was der einleitende Satz bedeutet? -- Brudersohn 21:33, 16. Jul. 2010 (CEST)

Man hätte auch „taxonomische Gliederung“ schreiben können. Das hätte sogar noch am ehesten der im Deutschen üblichen Formulierung entsprochen. --Gretarsson (Diskussion) 17:27, 7. Aug. 2014 (CEST)

Mir sind aber auch noch ein paar unklare Formulierungen aufgefallen:

„Der aktuelle Stand, welche Taxa bzw. deren Namen diesbezüglich aktuell anerkannt sind, kann in der List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN), gepflegt durch Jean Euzéby, eingesehen werden. Dies entspricht dem internationalen Code der Nomenklatur von Bakterien (ICNB). Diese Taxa werden ohne Anführungszeichen dargestellt.“

Hier wird nicht klar worauf sich das „Dies entspricht [...]“ am Anfang des zweiten Satzes bezieht: darauf, dass man die Namen dort einsehen kann, darauf dass diese Namen gültig sind, darauf dass die Liste von Jean Euzéby gepflegt wird, oder auf mehrere oder gar alle drei Punkte zugleich? Ich hab mich mal extra ein bisschen doofer gestellt als ich bin, um zu verdeutlichen, worauf ich hinaus will.

Zudem ist unklar, welche Taxa genau in Anführungszeichen dargestellt (ich würde formulierungstechnisch gesetzt sagen, so wie man auch „in Klammern gesetzt“ sagen würde) werden. Die Taxa in der Liste im umseitigen Artikel oder generell alle anerkannten Taxa? Dieser Punkt beträfe dann auch den letzten Satz im darauffolgenden Absatz. --Gretarsson (Diskussion) 17:27, 7. Aug. 2014 (CEST)

Formulierungen wurden geändert bzw. ergänzt. Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 11:51, 15. Aug. 2014 (CEST)

Völlig obsolet

Mit einem Schlag hat sich die Anzahl der Phyla verdoppelt. Da kommt wohl noch mehr.

Christian Rinke, Patrick Schwientek u. a.: Insights into the phylogeny and coding potential of microbial dark matter. In: Nature. 499, 2013, S. 431–437, doi:10.1038/nature12352.

Endlich hat mal jemand genau hingeguckt, was um uns herum alles lebt. --SCIdude (Diskussion) 10:16, 5. Okt. 2013 (CEST)

Da scheint ja ne Menge Arbeit auf uns zu warten. Würde allerdings vorschlagen bei Neuerungen in diesem Maße auf jeden Fall erst einmal abzuwarten (zum Beispiel was LPSN sagt).--Kogge (Diskussion) 11:06, 5. Okt. 2013 (CEST)

LPSN kennt mittlerweile auch das Phylum Armatimonadetes, sollte dann wohl auch im Artikel eingepflegt werden. Weitere Aktualisierungen (meistens Anerkennung von Taxa) habe ich gerade vorgenommen. Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 18:05, 8. Aug. 2014 (CEST)

Phylum Armatimonadetes ist nun ergänzt, auch weitere Aktualisierungen sind eingebracht. Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 11:51, 15. Aug. 2014 (CEST)

LPSN kennt das Phylum Abditibacteriota, evtl. noch weitere. Die Liste wäre offenba mal wieder zu akualisieren? Viele Grüße--Ernsts (Diskussion) 06:51, 21. Okt. 2020 (CEST)

Ich beabsichtige mal die Phyla des LPSN aufzunehmen. AFZ da, wo LPSN „Candidatus“ vorasnstellt (Vorschlag). Alles eine Zeitfrage ;-) --Ernsts (Diskussion) 09:33, 21. Okt. 2020 (CEST)

Habe bei der Bearbeitrung gesehen, dass LPSN manche Taxa innen als 'not validly published' kennzeichnet, aber außen dennoch nicht als Candidatus. Habe das bei der Überarbeitung berücksichtigt. Taxa, die bei LPSN

• mit diesem Vermerk gekennzeichnet sind, oder
• mit dem Vorsatz Candidatus versehen sind, oder
• in engl. (oderen) Anführunszeichen oder
• eckigen Klammern gesetzt sind, erscheinen hier mit deutschen AFZ.

--Ernsts (Diskussion) 17:35, 22. Okt. 2020 (CEST)

Formatierung (Änderungsvorschlag)

Ich bin gerade dabei, die Systematik gemäß LPSN zu aktualisieren, scheitere dabei aber etwas an der Formatierung, weil in einem Phylum mal Unterklassen vorkommen und mal nicht bzw. mal Unterordnungen vorkommen und mal nicht. Am einfachsten ist wohl der Vergleich, wie der Text aussieht: Variante a) (so war es bisher) arbeitet mit mehreren *, Variante b) (mein Vorschlag) arbeitet mit dem : zum Einrücken.

Variante a)

Phylum „Chloroflexi“

• Klasse Anaerolineae
  • • Ordnung Anaerolineales
      • • Familie Anaerolineaceae

(...)

• Klasse Thermomicrobia
  • • Ordnung Thermomicrobiales
      • • Familie Thermomicrobiaceae
  • Unterklasse Sphaerobacteridae
    • Ordnung Sphaerobacterales
      • Unterordnung Sphaerobacterineae
        • Familie Sphaerobacteraceae

Variante b)

Phylum „Chloroflexi“

• Klasse Anaerolineae

• Ordnung Anaerolineales

• Familie Anaerolineaceae

(...)

• Klasse Thermomicrobia

• Ordnung Thermomicrobiales

• Familie Thermomicrobiaceae

• Unterklasse Sphaerobacteridae

• Ordnung Sphaerobacterales

• Unterordnung Sphaerobacterineae

• Familie Sphaerobacteraceae

Ich wäre dafür, mit dem einrückenden : zu arbeiten, da ich ansonsten mehrere Punkte (also •) bei den Familien ohne Unterklasse sehe. Was meint ihr? Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 13:26, 19. Dez. 2013 (CET)

Da kein Widerspruch kam, habe ich mittlerweile Variante b umgesetzt. Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 11:51, 15. Aug. 2014 (CEST)

Bezeichnung der Taxa

Was mir in diesem Zusammenhang auffiel, darf zwar in der WP nicht diskutiert werden, drängt sich aber doch auf und darf vielleicht außerhalb des Protokolls erörtert werden: Wieso werden in der Bakterienliteratur die Bezeichnungen für die taxonomischen Ränge aus der Sprache der jeweiligen Publikation entnommen? Warum gibt es keine international einheitlichen Bezeichnungen, die dann wohl aus der lateinischen oder griechischen Sprache oder aus beiden entnommen würden? Für denselben Begriff nebeneinander die Bezeichnungen „divisio“, „division“ und „Abteilung“, „phylum“ und „Stamm“, „ordo“ und „Ordnung“, „regnum“, „kingdom“ und „Reich“, „classis“, „class“ und „Klasse“ zu verwenden, erscheint mir seltsam. -- Brudersohn (Diskussion) 19:02, 30. Dez. 2013 (CET)

Hallo Brudersohn, ich verstehe deine Anfrage leider nicht ganz. Meinst du, dass es ungewöhnlich ist, für „ordo“ im Deutschen „Ordnung“ und im Englischen „order“ zu schreiben? Das ist in der gesamtem Biologie üblich, nicht nur bei Bakterien. Oder meinst du die wechselnden Bezeichnungen für höhere Taxa (wie z. B. „Phylum“)? Dann würde ich dich bitten, deine Meinung zu dem Thema hier zu äußern: Dilemma Stamm-Abteilung-Phylum, Einigung? Schon mal alles Gute für 2014, --A doubt (Diskussion) 20:15, 30. Dez. 2013 (CET)

Hallo A doubt. Weder das eine noch das andere meine ich: Weder meine ich wechselnde Bezeichnungen noch meine ich, dass es ungewöhnlich ist, für die Rangbezeichnungen der Taxa verschiedene Sprachen zu verwenden. Aber ich halte diesen letztgenannten Usus für hinderlich. Man hat aus gutem Grund eingeführt, dass es für alle Organismenarten und in der Morphologie und Anatomie für alle Organismenteile Bezeichnungen gibt, die immer gleich sind und gleich verwendet werden, gleichgültig, in welcher Sprache der sonstige Text steht. Aber ausgerechnet die Rangbezeichnungen in der Taxonomie werden mit Ausdrücken aus den jeweiligen Sprachen versehen. In allen Sprachbereichen wird der Oberschenkelknochen als Os femuris und die Pappel als Populus bezeichnet, aber in der Taxonomie wird Classis auch mal als Klasse oder als class oder sonstwie bezeichnet. Ich halte das für unnötige Erschwernis. Aber noch einmal: Das hat für die WP keine Konsequenzen, ich habe das nur einmal vorbringen wollen. Man kann es allerdings in aller Kürze im Artikel zur Taxonomie erwähnen. -- Brudersohn (Diskussion) 22:35, 30. Dez. 2013 (CET) Nachtrag: Dank für die guten Wünsche und auch Dir ein gutes Jahr 2014!! -- Brudersohn (Diskussion) 22:36, 30. Dez. 2013 (CET)

Danke für deine Erklärung. Ich habe das immer als so selbstverständlich wahrgenommen, dass ich bisher nicht darüber gegrübelt habe. Vielleicht schreibst du ja tatsächlich noch einen Satz dazu im Artikel Taxonomie? Viele Grüße, --A doubt (Diskussion) 23:33, 2. Jan. 2014 (CET)

Neue Phyla

• Newfound groups of bacteria are mixing up the tree of life Smallest bacteria among more than 35 new phyla characterized by whole genome sequencing
• Christopher T. Brown, Laura A. Hug, Brian C. Thomas, Itai Sharon, Cindy J. Castelle, Andrea Singh, Michael J. Wilkins, Kelly C. Wrighton, Kenneth H. Williams & Jillian F. Banfield. Unusual biology across a group comprising more than 15% of domain Bacteria. Nature, 2015 DOI: 10.1038/nature14486

Nur zur Information,--Haplochromis (Diskussion) 14:42, 16. Jun. 2015 (CEST)

Oh weih, klingt ja nach Arbeit :) --Kogge (Diskussion) 18:32, 17. Jun. 2015 (CEST)

Familie Corynebacteriacea und Micromonosporaceae

Die Familien kommen jeweils zweimal vor.

Corynebacteriacea

• Ordnung Actinomycetales, Unterordnung Corynebacterineae
• Ordnung Mycobacteriales (alternativ: Corynebacteriales)

Micromonosporaceae

• Ordnung Actinomycetales, Unterordnung Micromonosporineae
• Ordnung Micromonosporales

Bitte Experte berichtigen. Achtung: Liste beansprucht von sich Referenz zu sein!!!

Vielen Dank! --Ernsts (Diskussion) 18:01, 30. Mai 2022 (CEST)

Phylum und Klasse Actinobacteria

Bitte dringend überarbeiten. Insbesondere sind die Actinomycetales aktuell nach der LPSN nicht mehr in Unterordnungen aufgeteilt. Das wird aber vermutlich nicht die einzige Gruppe sein, die einer Aktualisierung bedarf, sonst würde ich das ja aus dem Zielartikel übernehmen. :-) So würde es aber nur zeitliche Inkonsistenzen erzeugen.

Die Liste soll lt. Header als Referenz gelten, dann sollte ein zeitnaher Abgleich mit der LPSN gewährleistet sein. Könnte das nicht ein Bot erledigen?

Oder die Anmerkung entfernen, dass diese Liste WP-intern als Referenz dienen soll. AFAIK ist Referenz die LPSN. Die ist übrigens schon lange nicht mehr bacterio.net, sondern lpsn.dsmz.de, selbst die WL ist inzwischen abgeschaltet.

Vielen Dank! Schöne Grüße --Ernsts (Diskussion) 06:02, 14. Okt. 2023 (CEST)