Der Bahnhof Seebergen ist ein Haltepunkt auf der Regionalbahnstrecke 20 von Halle (Saale) nach Eisenach. Er liegt rund 6km östlich von Gotha und rund 8km westlich von Neudietendorf. Die sonst zweigleisige Strecke wird im Bereich des Bahnhofes dreigleisig.