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Liste von sequenzierten eukaryontischen Genomen

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Diese Liste von sequenzierten eukaryontischen Genomen umfasst Eukaryonten, das sind Lebewesen mit Zellkern, deren Genom sequenziert wurde.

Backhefe
Der Fadenwurm Caenorhabditis elegans unter dem Mikroskop.

Kleinere DNA-Bruchstücke wurde erstmals 1977 sequenziert, das heißt ihre Basensequenz wurde mit Hilfe von DNA-Sequenzierung ermittelt. Nach und nach wurde die DNS von ganzen Genomen verschiedener Organismen sequenziert. Die erste Sequenzierung des vollständigen Genoms eines Lebewesens gelang 1995 mit dem Bakterium Haemophilus influenzae. Die so ermittelten Basensequenzen werden über das Internet, unter anderem vom NCBI, bereitgestellt.

1996 wurde mit der Backhefe (Saccharomyces cerevisiae), die zu den Pilzen gehört, das erste Genom eines Eukaryonten veröffentlicht und 1998 wurde mit dem zu den Tieren gehörenden Fadenwurm Caenorhabditis elegans das erste Genom eines Mehrzellers veröffentlicht.

Die Forschung konzentrierte sich zunächst auf die Sequenzierung von Organismen, die entweder für die Grundlagenforschung oder die für die anwendungsorientierte, medizinisch-pharmazeutische Forschung von besonderem Interesse sind. Solche eukariontische Organismen sind in dieser Liste zu finden. Mit dem Fortschritt der Technik wurde die Sequenzierung immer schneller und einfacher, so dass inzwischen das Genom von über 50.000 (Stand: 2020) verschiedenen Organismen analysiert werden konnte.

Pilze Bearbeiten

Aufgelistet sind die fünf Pilze, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung
Saccharomyces cerevisiae
Strain:S288C 		Backhefe Backhefe; Modellorganismus Eukaryont 12.1 Mb 6 294[1] International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing[2] 1996[1]
Encephalitozoon cuniculi Microsporidium Humanpathogen 2.9 Mb 1 997[3] Genoscope und Université Blaise Pascal 2001[3]
Schizosaccharomyces pombe
Strain:972h- 		Spalthefen Modellorganismus Eukaryont 14 Mb 4 824[4] Sanger Institute und Cold Spring Harbor Laboratory 2002[4]
Neurospora crassa Sordariomycetes Modellorganismus Eukaryont 40 Mb 10 082[5] Broad Institute, Oregon Health, Science University, University of Kentucky und die University of Kansas 2003[5]
Phanerochaete chrysosporium
Strain:RP78 		Stielporlingsartiger Holzpilz für Verrottung, wird für Bioremediation verwendet 30 Mb 11 777[6] Joint Genome Institute 2004[6]

Tiere Bearbeiten

Aufgelistet sind die vier Tiere, deren Genom zuerst sequenziert wurde. Außerdem wurden die zwölf Säugetiere, deren Genom zuerst sequenziert wurde, in die Liste aufgenommen.

Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung
Caenorhabditis elegans
Strain:Bristol N2 		Nematode Modellorganismus Tier 100 Mb 19 000[7] Washington University und das Sanger Institute 1998[7]
Drosophila melanogaster Fruchtfliege Modellorganismus Tier 165 Mb 13 600[8] Celera, UC Berkeley, Baylor College of Medicine, European DGP 2000[8]
Homo sapiens Primaten Mensch 3.2 Gb[9] 18 826 (CCDS consortium) Human Genome Project Consortium und Celera Genomics Entwurf 2001[10][11]
Vollständig 2006[12]
Anopheles gambiae
Strain: PEST 		Stechmücke Verbreitung von Malaria 278 Mb 13 683[13] Celera Genomics und Genoscope 2002[13]
Takifugu rubripes Kugelfisch Wirbeltier mit kleinem Genom, japanischer Kugelfisch 390 Mb 22 000 – 29 000[14] International Fugu Genome Consortium 2002[15]
Mus musculus
Strain: C57BL/6J 		Nagetiere Hausmaus ca. 3 Gb 24 000 2002[16][17]
Rattus norvegicus Nagetiere Wanderratte 2.8 Gb Entwurf 2004[18]
Pan troglodytes Primaten Schimpanse 3.3 Gb 2005[19][20]
Canis familiaris Canidae Haushund 2.5 Gb 19 300 2005[21][22]
Ornithorhynchus anatinus Säugetier Schnabeltier 1.9 Bp 18 600 Entwurf 2007,[23]

vollständig 2021[24]

Monodelphis domestica Beuteltiere Haus-Spitzmausbeutelratte 18 000 - 20 000 Gene[25] MIT und Harvard 2007[26]
Macaca mulatta Primaten Rhesusaffe 3.1 Bp 30 000 2007[27][28]
Felis catus Felidae Hauskatze 2.7 Mb 20 000 2007[29]
Loxodonta africana Elephantidae Afrikanischer Elefant 2009[30]
Equus caballus Unpaarhufer Hauspferd 2.5 Mb 2009[31][32][33]
Bos primigenius taurus Paarhufer Hausrind 2.7 Gb[34] 22 000.[35] National Institutes of Health und das US Department of Agriculture 2009[36]

Pflanzen Bearbeiten

Aufgelistet sind die fünf Pflanzen, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

Organism Typ Relevanz Größe des Genoms Anzahl Chromosomen vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung
Arabidopsis thaliana
Ecotype:Columbia 		Acker-Schmalwand Modellorganismus, Unkraut 135 Mb[37] 5 25 498,[38] Arabidopsis Genome Initiative[39] 2000[38]
Oryza sativa
ssp indica 		Reis Feldfrucht und Modellorganismus 420 Mb 12 32 000 - 50 000[40] Beijing Genomics Institute, Zhejiang University und Chinese Academy of Sciences 2002[40]
Cyanidioschyzon merolae
Strain:10D 		Rotalge einfacher Eukaryont 16.5 Mb 20 5 331[41] University of Tokyo, Rikkyo University, Saitama University und Kumamoto University 2004[41]
Ostreococcus tauri Grünalge einfacher Eukaryont, kleines Genom 12.6 Mb 20 7 969 (UniProt) Laboratoire Arago 2006[42]
Westliche Balsam-Pappel Pappel Kohlenstoffsenke, Modellorganismus Baum, Nutz-Holzart und Vergleich mit A. thaliana 550 Mb 19 45 555[43] The International Poplar Genome Consortium 2006[43]

Protisten Bearbeiten

Aufgelistet sind die neun Protisten, deren Genom zuerst sequenziert wurde.

Organismus Typ Relevanz Größe des Genoms vorhergesagte Anzahl von Genen Organisation Jahr der Sequenzierung
Guillardia theta Cryptomonad Modellorganismus 551 kbp
nucleomorph
(nur das Genom) 		465[44] Canadian Institute of Advanced Research, Philipps-University Marburg und die University of British Columbia 2001[44]
Plasmodium falciparum
Clone:3D7 		Apicomplexa Humanpathogen (Malaria) 22.9 Mb 5 268[45] Malaria Genome Project Consortium 2002[45]
Plasmodium yoelii yoelii
Strain:17XNL 		Apicomplexa Nagetier-Pathogen (Malaria) 23.1 Mb 5 878[46] TIGR und NMRC 2002[46]
Cryptosporidium hominis
Strain:TU502 		Apicomplexa Humanpathogen 10.4 Mb 3 994[47] Virginia Commonwealth University 2004[47]
Cryptosporidium parvum
C- or genotype 2 isolate 		Apicomplexa Humanpathogen 16.5 Mb 3 807[48] UCSF und University of Minnesota 2004[48]
Thalassiosira pseudonana
Strain:CCMP 1335 		Diatom Modellorganismus 34.5 Mb 11 242[49] Joint Genome Institute und die University of Washington 2004[49]
Trypanosoma cruzi
Strain:CL-Brener 		Kinetoplastid Humanpathogen 67 Mb 22 570[50] The Institute for Genome Research (TIGR), Karolinska Institutet (KI) und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI) 2005[50]
Trypanosoma brucei
Clone:TREU 927/4 		Kinetoplastid Humanpathogen 26 Mb 9 068[51] Wellcome Trust Sanger Institute und The Institute for Genome Research (TIGR) 2005[51]
Leishmania major
Strain: Friedlin 		Kinetoplastid Humanpathogen 32.8 Mb 8 272[52] Wellcome Trust Sanger Institute und Seattle Biomedical Research Institute (SBRI) 2005[52]

Siehe auch Bearbeiten

Weblinks Bearbeiten

Einzelnachweise Bearbeiten

  1. ↑ a b Goffeau A, Barrell BG, Bussey H, R. W. Davis, B. Dujon, H. Feldmann, F. Galibert, J. D. Hoheisel, C. Jacq, M. Johnston, E. J. Louis, H. W. Mewes, Y. Murakami, P. Philippsen, H. Tettelin, S. G. Oliver: Life with 6000 genes. In: Science. 274. Jahrgang, Nr. 5287, Oktober 1996, S. 546, 563–7, doi:10.1126/science.274.5287.546, PMID 8849441, bibcode:1996Sci...274..546G (englisch).
  2. ↑ International Collaboration for the Yeast Genome Sequencing (Memento vom 27. September 2007 im Internet Archive)
  3. ↑ a b Katinka MD, Duprat S, Cornillot E, Guy Méténier, Fabienne Thomarat, Gérard Prensier, Valérie Barbe, Eric Peyretaillade, Philippe Brottier: Genome sequence and gene compaction of the eukaryote parasite Encephalitozoon cuniculi. In: Nature. 414. Jahrgang, Nr. 6862, November 2001, S. 450–3, doi:10.1038/35106579, PMID 11719806, bibcode:2001Natur.414..450K (englisch).
  4. ↑ a b Wood V, Gwilliam R, Rajandream MA, M. Lyne, R. Lyne, A. Stewart, J. Sgouros, N. Peat, J. Hayles: The genome sequence of Schizosaccharomyces pombe. In: Nature. 415. Jahrgang, Nr. 6874, Februar 2002, S. 871–80, doi:10.1038/nature724, PMID 11859360 (englisch).
  5. ↑ a b Galagan JE, Calvo SE, Borkovich KA, Eric U. Selker, Nick D. Read, David Jaffe, William Fitzhugh, Li-Jun Ma, Serge Smirnov, Seth Purcell, Bushra Rehman, Timothy Elkins, Reinhard Engels, Shunguang Wang, Cydney B. Nielsen, Jonathan Butler, Matthew Endrizzi, Dayong Qui, Peter Ianakiev, Deborah Bell-Pedersen, Mary Anne Nelson, Margaret Werner-Washburne, Claude P. Selitrennikoff, John A. Kinsey, Edward L. Braun, Alex Zelter, Ulrich Schulte, Gregory O. Kothe, Gregory Jedd, Werner Mewes: The genome sequence of the filamentous fungus Neurospora crassa. In: Nature. 422. Jahrgang, Nr. 6934, April 2003, S. 859–68, doi:10.1038/nature01554, PMID 12712197, bibcode:2003Natur.422..859G (englisch).
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  7. ↑ a b C. elegans Sequencing Consortium: Genome sequence of the nematode C. elegans: a platform for investigating biology. In: Science. 282. Jahrgang, Nr. 5396, Dezember 1998, S. 2012–8, doi:10.1126/science.282.5396.2012, PMID 9851916, bibcode:1998Sci...282.2012. (englisch).
  8. ↑ a b Adams MD, Celniker SE, Holt RA, CA Evans, JD Gocayne, PG Amanatides, SE Scherer, PW Li, RA Hoskins: The genome sequence of Drosophila melanogaster. In: Science. 287. Jahrgang, Nr. 5461, März 2000, S. 2185–95, doi:10.1126/science.287.5461.2185, PMID 10731132, bibcode:2000Sci...287.2185. (englisch).
  9. ↑ Human Genome Sequencing Consortium, International: Finishing the euchromatic sequence of the human genome. In: Nature. 431. Jahrgang, Nr. 7011, Oktober 2004, S. 931–45, doi:10.1038/nature03001, PMID 15496913, bibcode:2004Natur.431..931H (englisch).
  10. ↑ McPherson JD, Marra M, Hillier L, Robert H. Waterston, Asif Chinwalla, John Wallis, Mandeep Sekhon, Kristine Wylie, Elaine R. Mardis: A physical map of the human genome. In: Nature. 409. Jahrgang, Nr. 6822, Februar 2001, S. 934–41, doi:10.1038/35057157, PMID 11237014, bibcode:2001Natur.409..934M (englisch).
  11. ↑ Venter JC, Adams MD, Myers EW, PW Li, RJ Mural, GG Sutton, HO Smith, M Yandell, CA Evans, Robert A. Holt, Jeannine D. Gocayne, Peter Amanatides, Richard M. Ballew, Daniel H. Huson, Jennifer Russo Wortman, Qing Zhang, Chinnappa D. Kodira, Xiangqun H. Zheng, Lin Chen, Marian Skupski, Gangadharan Subramanian, Paul D. Thomas, Jinghui Zhang, George L. Gabor Miklos, Catherine Nelson, Samuel Broder, Andrew G. Clark, Joe Nadeau, Victor A. McKusick, Norton Zinder: The sequence of the human genome. In: Science. 291. Jahrgang, Nr. 5507, Februar 2001, S. 1304–51, doi:10.1126/science.1058040, PMID 11181995, bibcode:2001Sci...291.1304V (englisch).
  12. ↑ Gregory SG, Barlow KF, McLay KE, R. Kaul, D. Swarbreck, A. Dunham, C. E. Scott, K. L. Howe, K. Woodfine, C. C. A. Spencer, M. C. Jones, C. Gillson, S. Searle, Y. Zhou, F. Kokocinski, L. McDonald, R. Evans, K. Phillips, A. Atkinson, R. Cooper, C. Jones, R. E. Hall, T. D. Andrews, C. Lloyd, R. Ainscough, J. P. Almeida, K. D. Ambrose, F. Anderson, R. W. Andrew, R. I. S. Ashwell: The DNA sequence and biological annotation of human chromosome 1. In: Nature. 441. Jahrgang, Nr. 7091, Mai 2006, S. 315–21, doi:10.1038/nature04727, PMID 16710414, bibcode:2006Natur.441..315G (englisch).
  13. ↑ a b Holt RA, Subramanian GM, Halpern A, GG Sutton, R Charlab, DR Nusskern, P Wincker, AG Clark, JM Ribeiro, Ron Wides, Steven L. Salzberg, Brendan Loftus, Mark Yandell, William H. Majoros, Douglas B. Rusch, Zhongwu Lai, Cheryl L. Kraft, Josep F. Abril, Veronique Anthouard, Peter Arensburger, Peter W. Atkinson, Holly Baden, Veronique De Berardinis, Danita Baldwin, Vladimir Benes, Jim Biedler, Claudia Blass, Randall Bolanos, Didier Boscus, Mary Barnstead: The genome sequence of the malaria mosquito Anopheles gambiae. In: Science. 298. Jahrgang, Nr. 5591, Oktober 2002, S. 129–49, doi:10.1126/science.1076181, PMID 12364791, bibcode:2002Sci...298..129H (englisch).
  14. ↑ International Fugu Genome Consortium. Forth Genome Assembly (Memento vom 5. Februar 2012 im Internet Archive)
  15. ↑ Aparicio S, Chapman J, Stupka E, N Putnam, JM Chia, P Dehal, A Christoffels, S Rash, S Hoon, Arian Smit, Maarten D. Sollewijn Gelpke, Jared Roach, Tania Oh, Isaac Y. Ho, Marie Wong, Chris Detter, Frans Verhoef, Paul Predki, Alice Tay, Susan Lucas, Paul Richardson, Sarah F. Smith, Melody S. Clark, Yvonne J. K. Edwards, Norman Doggett, Andrey Zharkikh, Sean V. Tavtigian, Dmitry Pruss, Mary Barnstead, Cheryl Evans: Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. In: Science. 297. Jahrgang, Nr. 5585, August 2002, S. 1301–10, doi:10.1126/science.1072104, PMID 12142439, bibcode:2002Sci...297.1301A (englisch).
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  26. ↑ Mikkelsen TS, Wakefield MJ, Aken B, Amemiya CT, Chang JL, Duke S, Garber M, Gentles AJ, Goodstadt L, Heger A, Jurka J, Kamal M, Mauceli E, Searle SM, Sharpe T, Baker ML, Batzer MA, Benos PV, Belov K, Clamp M, Cook A, Cuff J, Das R, Davidow L, Deakin JE, Fazzari MJ, Glass JL, Grabherr M, Greally JM, Gu W, Hore TA, Huttley GA, Kleber M, Jirtle RL, Koina E, Lee JT, Mahony S, Marra MA, Miller RD, Nicholls RD, Oda M, Papenfuss AT, Parra ZE, Pollock DD, Ray DA, Schein JE, Speed TP, Thompson K, VandeBerg JL, Wade CM, Walker JA, Waters PD, Webber C, Weidman JR, Xie X, Zody MC, Graves JA, Ponting CP, Breen M, Samollow PB, Lander ES, Lindblad-Toh K: Genome of the marsupial Monodelphis domestica reveals innovation in non-coding sequences. In: Nature. 447. Jahrgang, Nr. 7141, Mai 2007, S. 167–77, doi:10.1038/nature05805, PMID 17495919, bibcode:2007Natur.447..167M (englisch).
  27. ↑ MapViewer Eintrag
  28. ↑ Gibbs RA, Rogers J, Katze MG, et al.: Evolutionary and biomedical insights from the rhesus macaque genome. In: Science. 316. Jahrgang, Nr. 5822, April 2007, S. 222–34, doi:10.1126/science.1139247, PMID 17431167 (englisch).
  29. ↑ J. U. Pontius, J. C. Mullikin, D. R. Smith, K. Lindblad-Toh, S. Gnerre, M. Clamp, J. Chang, R. Stephens, B. Neelam, N. Volfovsky, A. A. Schäffer, R. Agarwala, K. Narfström, W. J. Murphy, U. Giger, A. L. Roca, A. Antunes, M. Menotti-Raymond, N. Yuhki, J. Pecon-Slattery, W. E. Johnson, G. Bourque, G. Tesler, S. J. O'B: Initial sequence and comparative analysis of the cat genome. In: Genome Research. Band 17, Nummer 11, November 2007, S. 1675–1689, ISSN 1088-9051. doi:10.1101/gr.6380007. PMID 17975172. PMC 2045150 (freier Volltext).
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  31. ↑ MapView Eintrag
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  33. ↑ C. M. Wade u. a.: Genome Sequence, Comparative Analysis, and Population Genetics of the Domestic Horse. In: Science. Band 326, Nr. 5954, 2009, S. 865–867. doi:10.1126/science.1178158
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