Werner Kaegi bzw. Werner Kägi ist der Name folgender Personen:
- Werner Kaegi (Historiker) (1901–1979), Schweizer Historiker
- Werner Kägi (Rechtswissenschafter) (1909–2005), Schweizer Rechtswissenschafter
- Werner Kaegi (Musiker) (* 1926), Schweizer Musikwissenschaftler und Komponist
