Buntglasfenster im Chor, entworfen von Józef Mehoffer (1918-1919), ausgeführt von Kirsch & Fleckner (1926); Neuentwurf des unteren Teils 1934, Einsetzung 1936.

Dargestellt sind in chronologischer Abfolge von oben nach unten folgende Geschehnisse und Persönlichkeiten: der heilige Nikolaus thronend als Patron der Kathedrale im Bischofsornat mit Mitra und Krummstab; darunter sein Wappen mit dem Armreliquiar, das auch das Wappen des Domkapitels darstellt. Es folgt die Rolle Freiburgs während der Reformation ins Bild gesetzt durch einen Freiburger Magistraten, welcher auf die Bibel schwört, dem Glauben treu zu bleiben, wie die Inschrift erklärt. Weiter folgt die Darstellung der Zeit der Gegenreformation mit der Darstellung von vier verdienten Männern: Propst Peter Schneuwly, Propst Sebastian Werro, Jesuit Petrus Canisius und Apostolischer Nuntius Giovanni Francesco Bonomi. Die nächste Szene zeigt die Verbundenheit der Freiburger mit ihrer Schutzpatronin Maria. Der unterste Teil betrifft die Stifstkirche St. Nikolaus. Sie wurde 1512 von der Stadtpfarrkirche zur Kollegiatskirche und dank Bischof Marius Besson 1924 von der Kollegiatskirche zur Kathedrale erhoben.