English: Maximum likelihood phylogeny of Rep (A) and Cp (B) open reading frames. Phylogenies were constructed via smart model selection (Rep: LG+G+I, Cp: RtREV+G+F) implemented in PhyML and visualized via FigTree v.1.4.2. Terminal nodes indicate IWaV278-ORFs and associated best BLASTx hits (e-value <1 × 10−5). Sequences and outgroups (Rep: bat associated cyclovirus 6; Cp: tomato yellow margin leaf curl virus) were aligned in MUSCLE v.3.8 and manually masked (Rep: 306AA, Cp: 523AA). Internal nodes represent SH-like aLRT branch support (nodes exhibiting <50% aLRT support collapsed.
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Uploaded a work by Kalia S. I. Bistolas, Ryan M. Besemer, Lars G. Rudstam, Ian Hewson from https://www.mdpi.com/viruses/viruses-09-00361/article_deploy/html/images/viruses-09-00361-g002.png (Fig. 2, contrast enganced grayscale) at https://www.mdpi.com/1999-4915/9/12/361/htm Distribution and Inferred Evolutionary Characteristics of a Chimeric ssDNA Virus Associated with Intertidal Marine Isopods MDPI Viruses 2017, 9(12), 361; doi:10.3390/v912036150px with Upl...
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