Erzherzog Josef Karls Leidenschaft galt jedoch Ungarn. Er hatte eine hervorragende Allgemeinbildung. Er war gleichermaßen in Sozial- sowie Naturwissenschaften bewandert. Über die Flora seines Gutes in ungarischen Alcsút gab er mehrere Werke heraus. Europäischen Ruhm erwarb er sich durch seine bahnbrechenden Arbeiten über die Grammatik der „Zigeunersprache“ (ungarischer Titel: Czigány nyelvtan; s.Romani) und die Ethnographie der Roma. Dieser ethnischen Minderheit war er sehr zugetan, er bemühte sich um die Ansiedlung von Roma auch auf seinem Gut in Alcsút und unterstützte sie materiell.
Erzherzog Josef setzte sich schon ab Ende der 1880er Jahre dafür ein, aus dem ärmlichen Fischerdorf Crikvenica einen neuen Kurort zu machen.[1] 1895 wurde dort das nach dem Erzherzog benannte Grandhotel[2] eröffnet.[3]
In seinen letzten Lebensjahren hielt er sich aus Gesundheitsgründen immer häufiger im „sonnigen Süden“ auf. Seine letzte Reise führte ihm im Dezember 1904 nach Fiume. Trotz südlicher Sonne verschlechterte sich sein Gesundheitszustand zusehend. Er starb am 13. Juni 1905 in Fiume. Seine sterblichen Überreste wurden nach Budapest überführt und in der Palatinusgruft auf der Burg von Ofen zur letzten Ruhe gebracht. An den Trauerfeierlichkeiten am 19. Juni 1905 nahmen auch Kaiser Franz-Joseph (in seiner Eigenschaft als König von Ungarn), sowie der Thronfolger Franz-Ferdinand teil.
Alcsúti ásatások (Ausgrabungen in Alcsút), Archaeologiai Értesítő (Archäologisches Bulletin), 1872
Növényhonosítási kísérletek Fiumében 1881-től 1885-ig (Experimente zur Pflanzenkultivierung in Fiume von 1881 bis 1885), Klausenburg, 1885
Egy rendkívüli tél hatása Fiumében (Die Wirkung eines außergewöhnlichen Winters in Fiume), Klausenburg, 1886
Czigány nyelvtan (Grammatik der Zigeunersprache), Budapest 1888
Eredeti cigány levelek (Echte Zigeunerbriefe), Egyetemi/es Philologiai Közlöny (Allgemeines Mitteilungsblatt für Philologie) 1890
Háladatos cigányok, mint életmentők (Dankbare Zigeuner, als Lebensretter), Budapest, 1891
Arboretum Alcusthiense. Az alcsúthi kertben honosított fák és cserjék leltára (Katalog der in Alcsuter Garten gepflanzten Bäume und Sträucher), Klausenburg 1892
Észleletek az Alcsúton letelepedett sátoros cigányokról (Wahrnehmungen über die in Alcsút zeltenden Zigeuner), Budapest, 1893
gem. mit Henrik Wloslocki: A cigányokról. A cigányok történelme, életmódja, néphite, népköltése, zenéje, nyelve és irodalma (Über die Zigeuner. Geschichte, Lebensweise, Volksglaube, Volksdichtung, Musik, Sprache und Literatur der Zigeuner), Budapest 1894
Die Preßburger Zeitung bringt die Todesnachricht auf der ersten Seite ihrer Abendausgabe vom 13. Juni 1905⚭ 1893 Prinzessin Auguste Maria Luise von Bayern (1875–1964)
